家庭自制酸奶時，需要用到菌種來發酵，而對于菌種的選擇，可以選擇發酵菌粉，也可選擇市售的酸奶。不過，如果用購買來的菌種自己做酸奶，可以再用來做菌種發酵兩三次，如果用市場上的酸奶做種，最多可以再用一兩次。
關于是用菌粉做種好還是用市售酸奶做種好，答案是均可，二者都能很好的自制出酸奶。關鍵是：
1、用菌粉時，加入的是冷凍干燥的菌種，它們在溫暖環境中能夠“蘇醒”過來發揮作用。
2、用市售酸奶時，一定要注意買最新出廠的冷藏酸奶，因為隨著儲藏時間的延長和儲藏溫度的上升，其中活菌數會不斷下降，影響制作酸奶時的效果。一定要注意，那些常溫下銷售的酸奶就不要用來做種了，因為它們的活菌數已經嚴重下降，不能保證制作酸奶的安全性。
酸奶制作的基本要求是有足夠多的保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌，所以買兩種基本菌的菌粉即可。其他的保健菌，如嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌、某些乳酪乳桿菌的菌株等，研究證明它們如果能夠定植在人體大腸中的話，的確對健康有益。
不過，如果需要這些菌的好處，前提是發酵后能夠有足夠的活菌數。可是，這些菌的最適發酵條件不一定和前面說的這兩種基本菌一樣。特別雙歧桿菌，它們屬于嚴格厭氧菌，也就是說，一見到氧氣就會死亡。
