氨基多糖季銨鹽沖洗液可能有副作用，在使用的過程中可能會引起神經刺激性反應，也有可能會出現過敏性反應，每個人的體質不同，所以在使用期間產生的影響程度會有所不同。
1、神經刺激性反應：氨基多糖季銨鹽沖洗液在使用的過程中可能會導致神經刺激性的反應，容易表現出頭暈或者頭痛的癥狀，也有出現精神不振的可能性。
2、過敏反應：氨基多糖季銨鹽沖洗液在使用的過程中，部分人群因為個人體質原因可能會出現過敏反應，容易引起過敏性鼻炎發生，也有可能會引起過敏性哮喘，容易引起鼻塞和鼻癢的癥狀，同時不排除有呼吸不暢的可能性，但是發生過敏的可能性比較小。
氨基多糖季銨鹽沖洗液可以起到抗菌的作用，對于多種疾病能夠達到治療的作用，比如可以用于腫瘤疾病的輔助治療，也可以用于性病的輔助治療，同時對于皮膚病也能夠起到輔助治療的作用。治療的過程中需要觀察自身的情況，如果出現了藥物較嚴重的副作用，則需要及時的減少或者停止用藥，可以降低產生的影響。
