不少人認為，人們呼出的難聞氣味是口腔疾病或早晨忘了刷牙所致。然而，現代醫學已經證明很多全身性疾病，如肝、肺、腎、胃有病也會引起口臭，如果經常出現要尋找病因。
腐敗味——上呼吸道疾病。
鼻竇炎、扁桃體炎和咽喉炎等上呼吸道疾病都會分泌大量含蛋白質的黏液，部分形成鼻涕，剩下的從鼻道流入口咽部。這些黏液部分黏附于舌根后部或口咽部，當蛋白質分解后，就會產生腐敗味。
酸臭味——胃病。
胃幽門部狹窄或梗阻時，食物在胃內留置時間過長，會產生酸臭腐敗的氣味，通過口腔散發出來。反流性食管炎等胃病還可導致病理性口臭，黏附在口腔、咽喉部位的嘔吐物不停釋放“酸氣”。通常在積極治療胃病后，口臭能得到顯著改善。
爛蘋果味——糖尿病丙酮酸中毒。
當一個人血糖超標，未加控制時，體內的脂肪分解，就會產生酮體，其中的α-酮戊二酸會發出一種酸酸的爛蘋果味道。當呼出這種氣味時，患者體內的酮體濃度已經非常高了，接近或達到糖尿病酮癥酸中毒的水平，需要及時就醫，否則會有生命危險。
尿臊味——尿毒癥。
尿臊味多是患有慢性腎炎或腎病的患者發出的。病程進展到慢性腎功能衰竭階段(俗稱尿毒癥)時，由于無尿，某些毒性物質不能排出體外而潴留于血中，就會使病人呼出的氣體散發出尿味，這是病情趨于危重的信號。
排泄物臭味——肝衰竭。
肝衰竭時，肝臟代謝能力減弱，分解毒素的能力下降，導致血氨升高，使口中出現略帶甜味的排泄物臭味，又被稱為“死亡的氣息”。體內某些支鏈氨基酸代謝能力減弱，還會導致爛蘋果味。
腐腥臭——肺癌。
肺部感染、支氣管炎、肺膿腫、慢性氣管炎、肺炎、肺氣腫甚至肺癌都會引起不同程度的口臭。這些氣味多由積攢于肺部的黏液所致。其中，肺膿腫患者常伴有腐酸性口臭，這類患者往往有發燒、膿性痰等，胸片檢查一般能確診；肺結核咯血、支氣管擴張咯血者常出現血腥味口臭；晚期肺癌患者常于口腔及呼氣中出現腐腥臭。
