上海市兒童醫院是一所集醫療、保健、教學、科研、康復于一體的三級甲等兒童醫院，前身是由我國著名兒科專家富文壽及現代兒童營養學創始人蘇祖斐等前輩于1937年創辦的上海難童醫院，1953年更名為上海市兒童醫院，是我國第一家專科兒童醫院。2003年成為上海交通大學附屬兒童醫院。
醫院現有員工1500余人，2017年度門診量247.5萬人次，年住院病人4.4萬人次，住院手術量2.7萬人次。2014年3月投入運營的瀘定路院區位于普陀區長風生態商務區，院區占地面積約2.6公頃，核定床位550張。北京西路院區占地面積1.59公頃，建筑面積約2.5萬平方米，核定床位150張。2013年4月28日梅川路門診部啟用運營，2014年3月始為兒童康復中心，也可為患兒提供包括聽力、視力、智力、肢體、精神等發育障礙的康復訓練和治療。
醫院學科齊全，設有重癥醫學科、新生兒科、腎臟科、呼吸科、血液科、消化科、心臟內科、神經內科、內分泌科、普外科、心胸外科、神經外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉頭頸外科、兒童保健科、皮膚科、眼科、中醫科、口腔科、康復科、醫學遺傳科等23個臨床專科。醫院擁有中國工程院院士1名、博士生導師8名、碩士生導師49名，擁有高級職稱專家百余名。是上海醫學遺傳研究所、上海市兒童保健所、上海市兒童急救中心、上海市新生兒篩查中心、上海市兒童康復中心、上海市聽力障礙診治中心、上海市新生兒先心篩查診治中心所在地。我院上海醫學遺傳研究所，為衛生部命名的上海醫學遺傳中心基因診斷部，研究發展了一整套遺傳病分子診斷技術。在我國最早開展了苯丙酮尿癥、血友病、DMD等罕見遺傳病的基因診斷和產前診斷工作。作為國家首批運用高通量測序技術開展遺傳病診斷的試點單位之一，上海市兒童醫院在兒童遺傳病的基因檢測領域居國內領先地位。
醫院作為上海交通大學醫學院的臨床教學基地，設有博士、碩士專業點及博士后流動站。與美國、加拿大、俄羅斯、日本、新加坡、韓國、英國等國的醫療機構建立了緊密的合作關系。近年來醫院承擔了國家"863"、"973"重點攻關項目、國家重大專項課題項目、國家自然科學基金項目、教育部及上海市科委基金項目、上海市衛生局及申康醫院發展中心科研項目以及國際合作科研項目等的研究工作。以著名科學家曾溢滔院士領銜的上海醫學遺傳研究所始終瞄準本學科的國際前沿，近50次榮獲國家、部委和上海市的重大成果獎勵。
