海安縣中醫院于1981年選址興建，1983年4月獨立建院。建院初期僅有46名職工、20張床位。建院以來，在黨的改革開放方針和新時期衛生工作方針的指引下，在縣委、縣政府和各級衛生主管部門的正確領導下，在社會各界的關心支持下，醫院建設得到了長足的發展，1994年8月成為二級甲等中醫院;1997年8月成為國家級愛嬰醫院;2007年11月成為南京中醫藥大學教學醫院;2009年11月，醫院與新疆伊寧市維吾爾醫院締結“友好醫院”，進行對口支援。2013年1月7日成為三級乙等中醫醫院。

醫院現有占地面積25290.24m2，建筑面積29555m2。其中業務用房建筑面積24392m2，占82.5%。主要建筑物有門急診樓、綜合病房樓和醫技樓。醫院現有職工547人，其中，衛生技術人員475人，占職工總人數的87%。衛生技術人員中，高級職稱89人，中級職稱138人。全院從事臨床的執業醫師136人，其中中醫類別執業醫師82人，占60.3%。剔除口腔科、產科、麻醉科執業醫師人數，中醫類別執業醫師占68.3%。醫院有享受國務院特殊津貼者1名，省名中醫4名，市名中醫5名，省“333”工程人才1名;市縣級中青年技術拔尖人才7名;市醫學領軍人才1名，醫學重點人才1名。

醫院編制床位400張，設有11個病區、一個綜合手術室;有17個一級臨床科室(內科、外科、骨傷科、婦產科、兒科、針灸科、肛腸科、康復科、推拿科(含小兒推拿)、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、腫瘤科、麻醉科、急診科、感染性疾病科、重癥醫學科);其中針灸科為全國第二批農村醫療機構中醫特色專科(專病)建設單位、江蘇省中醫重點專科建設單位;骨傷科、針灸科、脾胃病科、腦病科為南通市中醫重點專科;心病科為南通市中醫重點專科建設單位;有肛腸科、兒科、腎病科等縣級中醫重點專科9個;有糖尿病、膽石癥內病外治、甲狀腺病、脾胃病、肝膽病、腎病、椎間盤突出癥、男性不育癥、風濕病、肛腸疾病等30多個具有中醫特色優勢的專科專病，有醫技科室8個(藥學部、醫學影像科、醫學檢驗科、病理科、手術室、輸血科、營養科和功能檢查科)，一個健康體檢中心。醫院有東芝核磁共振、醫用直線加速器、移動式C型X光機、六排螺旋CT、CR、DR、數字胃腸X光機、電子腹腔鏡、電子關節鏡、電子胃(腸)鏡等大中型醫療設備。

建院以來，全院共申報科研65項，其中獲得省級科研課題立項7項，市級科研課題立項36項，并獲省級科技進步獎7項，市級科技進步獎17項，市級新技術引進獎24項，**中醫藥項目獎16項，其中開展的中醫中藥科研課題占課題項目數的86%，年均約50篇學術論文在省級及以上醫藥期刊上發表，省名中醫、主任中醫師夏治平以海安縣中醫院為基地，先后主編出版了《實用臨床針灸推拿學》，《中國推拿全書》(國家“九五”重點圖書)等專著。醫院自行研制的中藥散劑、膠囊劑、膏藥、糖漿、合劑、袋泡劑、膜劑等劑型達51個品種，因其簡、便、驗、廉深受廣大患者歡迎。