鄂爾多斯市中心醫院始建于1950年，是鄂爾多斯唯一的三級甲等綜合醫院，是內蒙古醫科大學臨床醫學院，成立了內蒙古超聲醫學研究所，是自治區超聲質量控制中心，擁有國家級臨床重點專科重癥醫學科和自治區領先學科超聲醫學科。有影像科、骨科、普通外科、眼科等16個市級領先重點學科。
醫院是國家衛計委臨床藥師培訓基地和國家住院醫師規范化培訓基地。建立了消化疾病院士工作站、京蒙合作消化疾病醫療中心、內蒙古自治區第三個胸痛中心。腔鏡技術、超聲醫學、影像醫學等專業水平居于自治區先進地位。消毒供應中心是自治區實踐基地。建成國家心力衰竭醫聯體內蒙古自治區中心，神經專業、腫瘤專業、心內專業、呼吸專業成為自治區臨床醫學研究中心核心成員單位。
醫院設置康巴什部和東勝部，總建筑面積26萬平方米，開放床位1856張。年服務的門診人次、住院人次居自治區前列。擁有PET-CT、寶石CT、3.0T核磁共振、彩超、血管造影機等先進醫療設備。
醫院擁有博士研究生12人，博士生導師1人，碩士生導師35人。有國家級、自治區級主委、副主委23人。有享受國務院特殊津貼專家1人、國家突出貢獻中青年專家1人、內蒙古草原英才2人、自治區突出貢獻中青年專家4人、自治區321層次人才3人、自治區醫療衛生中青年學術技術帶頭人2人、鄂爾多斯市135人才1人、鄂爾多斯拔尖人才4人、鄂爾多斯草原英才 6人、鄂爾多斯英才 7人、名老中醫名中醫名蒙醫11人、鄂爾多斯市科技新星3人、市青年科技新星1人、鄂爾多斯名醫7人。
醫院積極開展醫改工作和現代醫院管理制度試點，加強醫院黨建工作，去行政化，全員聘用，同工同酬。開展rbrvs績效考核，實現差異化分配，實現全成本核算。建立區域性醫療聯合體，推進分級診療。在自治區大型醫院中率先啟用新的醫療服務項目價格。開展了自治區首例跨省異地新農合即時結報工作。
醫院先后獲評全國“五一勞動獎狀先進集體”“全國文明單位”“全國職業道德建設先進集體”“全國衛生計生系統先進集體”“全國百姓放心百佳示范醫院” “中國醫院百強院”“自治區平安醫院示范單位”等榮譽稱號。
