腐乳是以大豆為原料，經微生物發酵后制成的豆制品。通過發酵，去除了大豆原有的豆腥味、脹氣因子及抗營養因子，產生了多種醇酯、有機酸及氨基酸。與大豆相比，腐乳具有以下五大優勢：

許多人吃大豆后會感到腸脹氣，這是因為大豆中存在脹氣因子，即棉子糖和水蘇糖等糖苷類物質。而腐乳經過微生物的發酵，這些脹氣因子被分解。

大豆所含的蛋白質是不易被消化吸收的，而經微生物的酶水解后生成了低分子多肽混合物，易于被消化吸收，使得腐乳中蛋白質的消化率從大豆的65.3%升高到96%。大量研究表明，腐乳中所含蛋白質的量和性能完全可以與動物性食品相媲美，且不含膽固醇，因此腐乳是一種含高蛋白的健康食品。

由于微生物的作用，腐乳中產生的維生素B2含量僅次于乳制品，比豆腐還高6-7倍;維生素B12量僅次于動物肝臟。對于常吃素食的人，經常吃些腐乳有預防惡性貧血和老年性癡呆的功效;維生素B1、尼克酸(又稱煙酸)含量也高于一般的食品。

大豆異黃酮是多酚類混合物，具有抗氧化活性，能預防和抑制白血病，具有抗腫瘤功效，尤其對乳腺癌和前列腺癌有積極的預防和治療作用。研究表明，大豆經水洗加工后會降低異黃酮含量，但發酵并不影響其含量，而且能改變異黃酮的種類。未發酵的大豆制品中，異黃酮主要是以黃酮葡萄糖苷的形式存在，發酵后的腐乳在真菌的水解酶作用下使苷大量水解，變成游離型異黃酮苷原，而游離的苷原具有更廣泛、更強烈的抗菌、抗氧化和雌激素樣活性。這些糖原具有良好的溶解性和低粘度、抗凝膠形成性，可以被腸道有效地吸收。

腐乳中的脂肪是不飽和脂肪酸，本身又不含膽固醇，大量實驗動物研究表明，腐乳中的蛋白質疏水性成分能與膽酸結合，降低動物體內膽固醇的吸收及膽酸的再吸收。在動物體及人體上的許多研究結果也都證實，這種蛋白質具有降低膽固醇的作用，所以它比含高膽固醇的奶酪更有益于健康。