如果是人們經常的使用熱敷的方法就可以讓巧囊更好的去緩解，可以讓自己的病情狀況得到一定的改善，不過這只能夠起到很好的輔助治療，并不能夠完全去治愈自己的疾病，要想徹底治好還是應該要采取手術和藥物相結合的治療手段，從而讓自己的病情癥狀不會一再的出現惡化的情形。
可采用藥物或（和）手術治療（保守性或根治性）。迄今為止，除根治性手術外，尚無一種理想的根治方法。無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的復發率。因此，應根據患者年齡、癥狀、體征、病變范圍以及對生育要求、患者的主觀愿望等因素加以選擇，強調個體化治療。
主張選對藥物積極治療并結合密切隨訪復查，注意卵巢囊腫的性質變化，再采取相應的對策。癥狀輕或無癥狀的輕微病變選用期待治療；有生育要求的輕度患者明確診斷后先行藥物治療，病情重者行保留生育功能手術；年輕但無生育要求的重癥患者可行保留卵巢功能手術，并輔以藥物治療；癥狀及病變均嚴重的無生育要求患者可行根治性手術。
手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術兩種。腹腔鏡手術是本病最佳的處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異癥治療的金標準。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異癥的首選治療方法。但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決于設備、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用于腹腔鏡條件不具備或非常復雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。
病因不清，其組織學發生復雜，不能完全預防。根據可能的病因及流行病學結果，可從以下幾方面進行預防：防止經血逆流；藥物避孕；防止醫源性異位內膜種植。
