肛門囊腫，在治療上需要重視，在囊腫形成的早期，要注意正確的使用一些抗生素，如果說情況嚴重的話要注意采取切開引流的方法治療，而且平時要注意自己的鍛煉，提高身體的免疫力抵抗力。
1.囊腫形成早期，可采用抗感染治療(包括針對需氧菌及厭氧菌的抗生素、中藥清熱解毒、疏瀉通宣，通便、熱水坐浴、理療、休息等)。
2.囊腫形成時，即應手術引流。
3.囊腫大且全身癥狀重者，除根據臨床和藥敏試驗選擇有效抗生素外，尚需輔以支持對癥治療。
4.在囊腫切開引流時，若發現明確的內口，可同時行掛線術。
5、及時治療可引起肛門直腸周圍膿腫的全身性疾病，如潰瘍性結腸炎、腸結核、克隆氏病等。
6、平時積極鍛煉身體，增強體質，能增進和改善肛門部血液循環，使局部的抗病能力提高，能預防感染的發生。
7、積極防治其他肛腸疾病，如肛竇炎、肛乳頭肥大、肛裂、炎性痔、直腸炎等能及時、正確、有效的治療，可以避免和減少肛周感染，膿腫和肛瘺的發生。
8、防治便秘和腹瀉，對預防肛門直腸周圍感染有重要意義，它能避免和減少肛門直腸區的粘膜和上皮組織的損傷或炎癥，可降低膿腫與肛瘺的發病率。
9、保持肛門部清潔衛生，勤換內褲，堅持每日便后清洗肛門，對預防感染有積極作用。
10、一旦發生肛門直腸周圍感染，應及早到正規的醫院診治，并采用有效的抗感染措施，包括全身及局部的治療，可防止炎癥蔓延、擴散，切勿輕信游醫成所謂“祖傳”的宣傳而延誤診斷及治療。
