慢性扁桃體炎多由急性扁桃體炎反復發作或因隱窩引流不暢,而致扁桃體隱窩及其實質發生慢性炎癥病變;也可發生于某些急性傳染病之后。原發性扁桃體炎是由于異物刺激及由溶血性鏈球菌或葡萄球菌等病原菌侵入所致;繼發性扁桃體炎常發于口炎、咽炎、鼻炎、慢性嘔吐等。
扁桃體可產生淋巴細胞和抗體,故具有抗細菌抗病毒的防御功能。咽部是飲食和呼吸氣的必經之路,經常接觸較易隱藏病菌和異物。咽部豐富的淋巴組織和扁桃體執行著機體這一特殊區域的防御保護任務。不過此處也易遭受溶血性鏈球菌。葡萄球菌和肺炎球菌等到病菌和侵襲而發炎。這些細菌通常就存在于人的咽部和扁桃體隱窩內。
正常情況下,由于扁桃體表面上皮完整和黏液腺不斷分泌,可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出,因此保持著機體的健康。當機體因過度疲勞、受涼等原因而使抵抗力下降,上皮防御機能減弱,腺體分泌機能降低時,扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。