傳統分類法將鏈球菌分為β-溶血性鏈球菌與非β-溶血性鏈球菌。β-溶血性鏈球菌包括化膿鏈球菌、無乳鏈球菌、停乳鏈球菌似馬亞種等；非β-溶血性鏈球菌包括大多數的α-溶血性鏈球菌以及非溶血性鏈球菌等。

1.β-溶血性鏈球菌

β-溶血性鏈球菌又稱化膿性鏈球菌，包括人源性致病菌，如化膿鏈球菌、無乳鏈球菌、停乳鏈球菌似馬亞種，以及多種重要的動物源性致病菌。

2.非β-溶血性鏈球菌

該鏈球菌種類包括大多數的α-溶血性鏈球菌以及非溶血性鏈球菌，甚至還包括部分草綠色鏈球菌群大類中的β-溶血性鏈球菌種。其中草綠色鏈球菌可分為5個草綠色鏈球菌種群，分別為緩癥鏈球菌群、咽峽炎鏈球菌群、變異鏈球菌群、唾液鏈球菌群以及牛鏈球菌群。

此外，還有很多鏈球菌種并未明確分類，尚未分群。目前鏈球菌屬包含的已知菌種有100余種。隨著新一代測序技術應用范圍不斷擴大，鏈球菌屬種類將進一步增加。