角膜反射可以受到多種病變的影響。 角膜反射消失常見有以下三種情況：
(1)反射弧傳入神經病變：三叉神經眼支的病變，除了面部該支的分布區(前額部皮膚)有感覺障礙外，同時伴有角膜反射減弱或消失。該側三叉神經損害造成角膜麻痹時，雙側均無反應，而在作對側角膜反射時仍可引起雙側反應。角膜反射減弱常見的原因是三叉神經第一支 損害的早期癥狀，隨著病變的發展，而終至角膜反射消失。由于小腦幕也使由三叉神經第一支分布，在顱后窩病變時，早期可出現角膜反射減弱，如小腦出血、橋腦小腦角膽脂瘤等。有人報道同側角膜反射減弱和/或消失，是定位診斷的重要指證。
(2)角膜反射的傳出神經病變(周圍性面神經麻痹)：角膜反射的傳出神經為面神經，當周圍性面神經病變時，角膜受到刺激后不能閉目(瞬目)，出現此種現象從廣義來看，也屬角膜反射消失。該側面神經麻痹時，同側角膜反射消失而對側反射存在。
(3)一側大腦半球病變：單側角膜反射減弱或消失，常為偏身麻木的一部分，而在不少偏癱病例中，角膜可能是唯一的麻木區域。有人認為，在頂葉有角膜反射中樞，或許可以得以解釋。如果雙側角膜反射減弱或消失時，說明大腦兩側有廣泛性損害(如在深昏迷、腦水腫、腦缺氧)，侵犯了角膜反射的腦內反射弧。
另外，三叉神經受損也會是角膜反射消失。
