1、最主要的原因之一是內分泌和代謝性疾病，包括糖尿病、高鈣血癥、低鉀血癥、卟啉病、甲狀腺功能減低、全垂體功能減退、甲狀旁腺功能亢進、假性甲狀旁腺功能減退、嗜鉻細胞瘤、胰高血糖素瘤。上述其他代謝性和內分泌疾病則主要是影響平滑肌功能而引起繼發性便秘。
神經系統疾病也與便秘有關。中樞神經系統(CNS)疾病與便秘關系最密切，神經調節的中斷是引起便秘的原因。包括記住損傷(如車禍、高空墜落等)馬尾腫瘤、腰椎間盤疾病、脊柱結核、多發性硬化癥、帕金森病、中風和腦腫瘤。截癱可以造成排空遲緩。帕金森病使肛門外括約肌矛盾收縮引起排便梗阻。多發性硬化癥患者有便秘癥狀，周圍神經系統疾病如自主神經疾病、神經纖維瘤、神經節瘤等都與便秘發生有關。
腸神經系統(ENS)的疾病也會引起便秘，如先天性巨結腸(Hirschsprung病)，其腸神經系統的正常發育停滯并有一段長度不等的結腸缺少神經節細胞。由于腸肌間神經叢缺少這些神經節細胞，阻礙了結腸的正常蠕動和肛門內括約肌對直腸擴張的反射性松弛。神經源性的慢性假性腸梗阻和長期濫用輕瀉劑引起的便秘的原因業余損害腸神經系統有關。
器質性疾病如腫瘤造成的狹窄和阻塞、憩室、炎癥性腸病、局部缺血、腸扭轉、子宮內膜異位和術后狹窄等，由于影響了肛門、直腸和結腸的結構，也會引起便秘。疼痛性病變如肛裂、嵌頓性內痔、粘膜脫垂、潰瘍性直腸炎等都是便秘的原因。平滑肌病變如平滑肌肌病、強直性肌營養不良和進行系系統性硬化癥，則由于改變了結腸排空和直腸、肛門內外括約肌的功能而引起便秘。
醫源性便秘通常與藥物有關，包括作用于CNS或ENS的藥物(如阿片類、非甾體類抗炎藥);直接作用于平滑肌的藥物(如鈣通道阻滯劑等抗高血壓藥;阿托品等抗膽堿藥);化療藥;利尿藥;金屬離子及礦物質;樹脂等。手術也可以引起或加重便秘。此外，飲食因素也會引起便秘，習慣性低渣飲食使大便次數減少而引起便秘。
