北京軍區總醫院成立于1913年，分東、西兩院。東院位于北京市東三環麥子店，西院位于北京市東四繁華商業區，是一所歷史悠久、設備精良、技術先進，集預防、保健、醫療、科研、教學、康復為一體的大型綜合性醫院。床位1600余張;下設50個專科、70多個專業，是解放軍第二軍醫大學北京臨床醫學院、第三、第四軍醫大學臨床教學醫院，1995年5月被總后勤部授予“三級甲等醫院”，2001年被北京市確定為首批醫療保險定點醫院。
北京軍區總醫院擁有一批設備先進、技術力量雄厚的專科中心。全軍中心(所)8個：全軍創傷骨科研究所、全軍普通外科診治中心、全軍肝病治療中心、全軍計劃生育優生優育技術中心、全軍腫瘤內科診治中心、全軍皮膚病，治中心、全軍藥物研究重點實驗室、全軍兒科診治中心。軍區中心(所)10個：軍區心肺血管疾病研究所、軍區消化內科研究診療中心、軍區神經內科研究診療中心、軍區呼吸內科研究診療中心、軍區胸外科研究診療中心、軍區診斷病理研究中心、軍區肝膽外科研究診療中心、軍區腎內科研究診療中心、軍區糖尿病研究診療中心、軍區燒傷整形重點專科。
北京軍區總醫院有各類衛生技術人員在2800多名;設有國家批準的博士、博士后科研工作站，高級職稱技術人員500名，碩士、博士研究生400余名;臨床醫學教授、副教授200名，博士、碩士生導師80名;享受政府津貼的知名專家50名。
北京軍區總醫院相繼成功地開展了多種移植技術，包括：自體骨髓移植、外周血造血干細胞移植、肝移植、心臟移植、腎移植、角膜移植、血管移植、甲狀旁腺移植等。已開展的放射介入，腫瘤綜合治療。癲癇病的檢測、監測、治療，各類肝病的治療，各類骨傷、骨病治療，危重病人搶救、監護等等業務技術，均形成了醫院醫療特色和優勢。同時，醫院每年開展上百項新業務、新技術，使許多疑難病得到有效診治，許多復雜手術和重大搶救獲得成功，一些診斷治療技術達到國內先進水平。
北京軍區總醫院在好大夫在線上討論最多的疾病有白癜風、乳腺纖維瘤、直腸癌、乳腺癌、頸椎病、抑郁癥、乳腺疾病、腰椎間盤突出、腦腫瘤、腦外傷、人工關節置換等。
總的來說，北京軍區總醫院是家口碑相當不錯的醫院，在2005年10家百姓信賴醫院的評選中，位居榜首。
