實驗室檢查
不同程度的貧血可見于70%的病例。活動性病變時，末梢血白細胞可增高。約半數病例血沉增快，大便潛血陽性，血清免疫球蛋白增高，清蛋白降低。
影像學檢查
1.X線檢查 口服鋇劑小腸造影可顯示小腸壁深部慢性炎癥表現，如狹窄、瘺管、深的縱行潰瘍以及跳躍式或節段性分布，有時可見鋇劑進入竇道與鄰接的腸袢相通或進入瘺管深入到腹腔。用小腸氣鋇雙重造影。早期病變的淺小黏膜潰瘍可以顯出。鋇灌腸造影，尤其是氣鋇雙重造影對診斷最有價值。應設法使鋇劑通過回盲瓣進入小腸末端。從而發現腸壁的縱行潰瘍、裂隙狀潰瘍，潰瘍之間為正常黏膜，但由于正常黏膜的黏膜下層炎癥、水腫及纖維化，使正常黏膜隆起，在X線下形成卵石征。回腸末端與盲腸內側可發現小瘺管。后期由于腸腔狹窄，X線下失去正常形態，腸管呈管狀。狹窄區長短不一，1～2cm至10余厘米不等，單發或多發，呈節段性分布。
Crohn病需與回盲部結核相鑒別。腸結核常伴有回盲瓣病變，因結核病變使回盲瓣變形、開放，造影劑自由通過，而Crohn病使回盲部形成狹窄，可助鑒別。
2.內鏡檢查 上消化道內鏡可觀察到食管、胃和十二指腸的病變，表現為多發性的口瘡樣潰瘍或縱行的潰瘍。后期黏膜呈顆粒狀，胃竇和十二指腸形成狹窄，可結合活檢進行診斷。但有時遠側有病變，上消化道也可伴有一般的口瘡樣潰瘍，而不是Crohn病改變。需靠活檢來鑒別。兒童較成人Crohn病變在上消化道更為多見。
結腸鏡對結腸和末端回腸的Crohn病變有重要的診斷價值，內鏡可看到黏膜的病變并可確定病變的范圍，可取活組織進行檢查，但瘺管則易被遺漏。鏡下可見散在的、大小不一的口瘡樣潰瘍，周圍發紅。潰瘍之間黏膜正常。隨著病變的進展，口瘡樣潰瘍融合為縱行潰瘍。潰瘍之間由于黏膜下層炎癥、水腫及纖維組織增生可呈現鋪路卵石樣改變。也可形成炎性息肉。腸腔狹窄較常見。病變呈節段性分布，病變腸段之間的黏膜正常。活檢病理如能發現肉芽腫，中心無干酪壞死，則對診斷極有幫助。但活檢中能找到肉芽腫者不到50%，有人報道只有l0%。
3.X線計算機體層攝影(CT)及B型超聲檢查 有輔助診斷作用，能顯示腸系膜炎癥或膿腫形成。CT優于B型超聲。
4.磁共振成像(MRI) 能顯示組織不同層次的平面圖和準確的解剖位置。據報道，可顯示上、下肛提肌間隔，能將肛周瘺管輪廓顯示清楚。臨床使用價值尚待觀察。
