實驗室檢查對上尿路結石的病因診斷極為重要，通常包括下述幾項：
1.血清檢查 鈣、磷、尿酸、血漿蛋白、血二氧化碳結合力、鉀、鈉、氯、肌酐等。
2.尿液檢查
(1)尿常規：蛋白陰性或微量，酸堿度因結石成分不同而異。鏡檢可見紅細胞，如合并感染，可見到膿細胞，有時尿中可見到結晶和結晶團塊。
(2)尿培養及細菌藥物敏感試驗。
(3)24h尿液分析：測定鈣、磷、尿酸、草酸、胱氨酸、鎂、鈉、氯化物、枸櫞酸、肌酐等。
3.結石成分分析。
4.特殊代謝檢查 如腎小管酸中毒的尿液檢查、甲狀旁腺功能亢進的代謝檢查，高鈣尿的實驗室檢查等。
影像學檢查:
1.泌尿系平片和斷層平片 平片必須包括整個泌尿系統。90%以上的結石在X線片上顯影，顯影的深淺和結石的化學成分、大小和厚度有關。不同成分的腎結石按其顯影的強弱程度依次排列為草酸鈣、磷酸鈣和磷酸鎂銨、胱氨酸和含鈣尿酸鹽。純尿酸結石不顯影。結石在平片上的顯影程度受許多因素的影響，如結石小、腸氣多、肥胖患者，顯影常不滿意。
斷層X線片能在不同層次照出更清晰的平片，對較小的結石也能顯示。平片上顯示的不透X線的陰影應與腹腔淋巴結鈣化、靜脈石、骨島、腎結核和腎腫瘤的鈣化相鑒別。
2.排泄性尿路造影 可顯示結石所致之腎結構和功能改變，有無引起結石的局部因素。陰性結石在顯影的腎盂內表現為充盈缺損，類似占位性改變。腎功能較差，顯影欠佳時，可應用大劑量排泄性尿路造影。
3.B型超聲檢查 結石表現為特殊聲影。能發現平片上不能顯示的小結石和透X線結石。可了解結石梗阻對腎臟結構的影響。
4.膀胱鏡檢查和逆行腎盂造影 膀胱鏡檢查不作為常規檢查。它適用于排泄性尿路造影仍診斷不明的情況，如靜脈腎盂造影(intravenous pyelography， IVP)，腎不顯影或顯影差，考慮陰性結石可能，排除結石下方輸尿管的梗阻和狹窄。
5.CT 對X光線不顯影的尿酸結石，CT可以確診。
6.輸尿管腎鏡檢查 KUB未顯示結石而IVP顯示有充盈缺損，不能確診，作此檢查能明確診斷。
