本病應與由柯薩奇A病毒引起的皰疹性咽峽炎相鑒別。
皰疹性咽峽炎是由是由許多A組柯薩奇病毒或其他腸道病毒引起的以急性發熱和咽峽部皰疹潰瘍為特征的自限性疾病，以糞-口或呼吸道為主要傳播途徑，感染性較強，傳播快，呈散發或流行，夏秋季為高發季節，主要侵襲1-7歲兒童。一般病程4-6日，重者可至2周。臨床表現為哭鬧、拒奶、持續發熱、咽部疼痛、流涎。主要癥狀表現在咽部，初起時咽部充血，咽峽部(扁桃體、軟腭及懸雍垂上)可見散在的約小米粒大小的灰白色皰疹，周圍繞有紅暈，2-3天后逐漸擴大后破潰，形成潰瘍。
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