在美洲本病須與西方馬腦炎、圣路易腦炎、單純皰疹性腦炎等鑒別診斷。例如西方馬腦炎、圣路易腦炎的主要特點如下所述：
1、西方馬腦炎
是由西方馬型腦炎病毒引起的人馬共患的病毒性疾病。因首先發現于美國西部，故稱為西方馬型腦炎。主要臨床表現與東方馬腦炎相似，但要比東方馬腦炎輕，病死率亦低。西方馬型腦炎病程3～5 天，大多在8～14 天。成年人多無后遺癥，乳幼兒后遺癥常有智能低下、情緒不穩、四肢強直性癱瘓;老年患者則表現為精神障礙和人格改變。
2、圣路易腦炎
大多為隱性感染，臨床癥狀與其他病毒性腦炎相似，以發熱、頭痛和中樞神經系統癥狀為主要癥狀，一般持續數天后即可完全恢復，通常病程經過良好，少數患者病后留有不同程度后遺癥。
3.單純皰疹性腦炎
是由單純皰疹病毒引起的中樞神經系統最常見的病毒感染性疾病。可有口唇皰疹史，體溫可達38.4-40.0℃，并有頭痛輕微的意識和人格改變，有時以全身性或部分性運動性發作為首發癥狀。前驅期有發熱、頭痛、肌痛、嗜睡、腹痛和腹瀉等癥狀。
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