一、發病原因
病因不清。推測與自身免疫和對不明抗原的過敏反應有關。由于多數患者先有上呼吸道癥狀，繼有腎小球腎炎，因此有人認為上呼吸道感染后被分離的緩緩蛋白可成為致敏原，導致機體產生變態反應而發生全病。
二、發病機制
主要病理改變的特征是受累器官發生壞死性肉芽腫，包括鼻腔和鼻竇黏膜、下呼吸道和皮膚。肺部可出現肺部浸潤和肺出血。出現多種類型的血管炎，如節段性壞死性血管炎或肺毛細血管炎。病變侵犯小動脈、小靜脈、毛細血管及其周圍組織。腎臟病理改變為局灶增殖性腎小球腎炎、壞死性新月體形成腎小球腎炎。
1. 本病雖然為多臟器受累
但多數最初為上呼吸道受累，如鼻炎和鼻竇炎，繼而出現腎小球腎炎等。這提示致病因子首先進入呼吸道，誘發炎癥反應，逐漸擴大到其他組織出現血管炎。呼吸道上部或下部都可有壞死性肉芽腫性病變，小血管管壁纖維素化，全層有單核細胞，上皮樣細胞和多核巨細胞浸潤，病變嚴重時可侵犯骨質引起破壞，肺部病變可有空洞形成，肉芽腫也見于上頜骨、篩骨眼眶等處。廣泛的血管炎引起的梗死及潰瘍造成鞍狀鼻畸形，眼球突出等。
2.腎臟病變呈壞死性腎小球腎炎的改變
以后進展為增殖性腎小球腎炎，早期腎小球血管叢的纖維蛋白樣變性和壞死，繼以血管叢和包囊上皮增生并形成肉芽腫，晚期腎功能衰竭示硬化性變化。
3.全身性灶性壞死性血管炎
主要侵犯小動脈，細動脈、小靜脈、毛細血管及其周圍組織，血管壁有多形核細胞浸潤，纖維蛋白樣變性，肌層及彈力纖維破壞，管腔中血栓形成，繼以管壁壞死，造成出血和形成小動脈瘤。除肺、腎外、皮膚、心血管，消化、神經等系統均可受累。
本病的病理為血管炎和非感染性肉芽腫，對免疫抑制劑有效，患者有高丙種球蛋白血癥及循環免疫復合物，毛細血管壁有免疫球蛋白沉積，因此推測為自身免疫性疾病。由于目前已證實活動期患者存在抗中性粒細胞胞漿抗體(ANCA)，其中細胞質染色型ANCA(cytoplasmic ANCA，c-ANCA)，即抗蛋白酶3(PR3)抗體對本病有高度特異性(90%～97%)，與病情活動有關。疾病緩解后c-ANCA滴度下降或消失，復發時可再次出現。
研究表明Wegner肉芽腫可能是一種由T細胞介導的異常的超敏反應，涉及1種或多種不同的免疫病理過程。其發病機制主要包括：①免疫復合物介導的損傷;②抗內皮細胞抗體介導的損傷;③細胞介導的損傷;④抗溶酶體抗體介導的損傷。這4種機制在某種程度上都可能發生在Wegner肉芽腫中。
