帕套綜合征常并發如下疾病：生長發育障礙、喂養困難，常發生窒息、呼吸暫停及運動性驚厥發作，伴有多發性畸形，多伴有先天性心臟病，消化道、泌尿系、生殖系畸形等。
智力發育障礙見于所有的患者，而且程度嚴重，存活較久的患兒還有癲癇樣發作，肌張功力低下等。
帕套綜合征的患兒臨床表現多伴有一組先天畸形，如：低體質量，小頭，前額傾斜，矢狀縫和自門寬，全腦畸形或前腦畸形，頂枕部局部頭皮缺損，前額毛細血管瘤，小眼畸形，虹膜裂隙，視網膜發育不良，眼距寬，低位畸形耳，中部唇裂和(或)愕裂，小領，嬰兒期圓臉，頸短具皮贅，先天性心臟病(多數為室間隔缺損、動脈導管未閉或房間隔缺失)，肋骨薄或缺如，腎畸形，單一的臍動脈，胎兒血紅蛋白持續存在，骨盆發育不良，尺側(或排側)多指(或趾)，超凸和窄的指甲，重疊屈曲的手指，搖椅足，且跟骨突出，通貫掌，掌遠軸三射線；大趾胖弓或“5”型或脛箕，線型魚際，除食指外為撓箕，尤以拇指為多，音調異常。隱梁；卵巢發育不良，雙角子宮(女)；癲癰，嚴重的智力障礙。脊柱裂，嚴重的唇愕裂、頸短具皮贅、先天性馬蹄內翻足等多發畸形。
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