除局部腫塊外，很少有癥狀，偶爾局部酸痛。
肌腱囊腫的鑒別診斷：
1. 腱鞘囊腫 腱鞘囊腫臨床比較常見，好發于足部，多見于青壯年。個別囊腫發生于腕管或踝管內，可壓迫神經引起相應癥狀。少數囊腫能自行消失，亦不再復發。多數囊腫可持續增大或存在，應予治療。早期可予保守療法，常用局部擠壓破裂或用針頭將囊液抽出后注射類固醇類藥物。保守治療無效者可予手術切除。
2. 肌腱炎 肌腱炎是肌腱組織內發生退行性改變，單純肌腱炎是跟腱和肱二頭肌腱等發生自發性斷裂的主要原因。其典型的病理改變包括肌腱細胞內細胞器減少，粘多糖和水分減少，膠原纖維直徑增粗和明暗帶增加。一般認為上述病理改變與肌腱內血供減少有關，上述病理改變結果導致膠原纖維的力學性能下降，最終導致肌腱發生自發性斷裂。臨床上常見的跟腱和肱二頭肌腱斷裂多發生于運動員和中年以上病人。對于急性完全性肌腱斷裂者，應予手術修補。而對慢性部分損傷者可予保守治療。
預防：少數囊腫可以自行消失，多數囊腫持續存在或有增大，須進行治療。對小的囊腫可用手指擠壓使其破裂吸收;或用粗針頭抽液后囊內注入透明質酸酶或醋酸氫化考的松類藥物，然后加壓包扎，療效良好，但有時容易復發。對較大的囊腫，或有癥狀的囊腫，或保守治療無效和手指擠破后復發的囊腫，可行囊腫切除術。手術時應將整個囊腫連同周圍部分正常的腱鞘、腱膜等組織一并切除，以免復發。
