病因發病機制沒有一種滿意的解釋，但在某些易感因素和推理上，看法比較一致。這些易感因素包括了：腸道缺血、腸道感染、腸屏障功能受損、呼吸窘迫綜合征、出血、窒息、先天性心臟病合并心力衰竭、敗血癥、休克、低溫、紅細胞增多和(或)血液黏滯度高，人工喂養等。
1、腸道缺血
多種原因造成的內臟血管收縮，腸系膜血管供血不足均可導致腸道缺血性損害，腸黏膜對缺血的易感性最為突出。實驗觀察大鼠在出現失血性休克1h后，其小腸黏膜即發生自溶現象。臨床上處理缺血性損害的原則應是盡早恢復血液再灌注(reperfusion)增加組織供氧，但長時間的缺血在恢復灌流后會出現再灌注損傷(reperfusioninjury)，這種損傷是由于鈣超載、氧自由基生成、中性粒細胞被激活所引發包括彈性蛋白酶(elastase)和膠原酶(collagenase)在內的多種酶的釋放以及內皮細胞穩態失衡等原因所造成。
2、腸道感染
腸道是人體最大的細菌庫，由于腸黏膜自身的保護作用致使細菌和毒素不能入侵，這種保護作用被稱之為防御屏障。休克、腸缺血、窒息、人工喂養不良等均可導致腸屏障的破壞，進而造成腸道內細菌微生態的失衡以及細菌及毒素的入侵而誘發AHNE。對于AHNE致病性病原體還沒有確切的認識，但從病人的糞便中可分離出厭氧菌、大腸埃希桿菌、特異性的克雷白菌屬、梭狀芽孢或產氣莢膜菌屬以至病毒等，其可導致腸壁感染、壞死、穿孔。糞便中C型產氣莢膜桿菌(產生β毒素的Welchii桿菌)易引起致病作用，造成腸道微循環障礙，而表現斑片狀壞疽性腸道病變。
3、腸屏障功能不全
腸屏障功能包括了機械、免疫、生物、化學及運動功能屏障。在正常情況下腸黏膜上皮細胞、細胞間連接與菌膜構成了機械屏障，且腸道黏液和黏蛋白形成了覆蓋于腸黏膜表面的彈性蛋白層，使細菌不能入侵并對化學和機械性刺激起到保護作用。正常情況下由腸黏膜分泌的分泌型免疫球蛋白(sIgA)對黏膜局部免疫功能極為重要，是為免疫屏障，其作用在于使黏膜表面形成保護層，阻止細菌黏附，使細菌凝集，抑制細菌活動并中和細菌毒素及抵御病毒，對多種蛋白水解酶。sIgA的缺乏，細菌黏附于黏膜上皮并形成集落，進而造成細菌和內毒素經門靜脈和淋巴系統侵入體循環，形成腸源性內毒素血癥和細菌易位(bacteria translocation，BT)。
4、有關炎性介質的作用
對AHNE的發病機制近年來更多地集中到對有關炎性介質的研究上。損傷、腸源性內毒素血癥和細菌易位在一定條件下會激發細胞因子和炎性介質的連鎖反應，在AHNE的動物實驗模型中已發現血小板活化因子(PAF)、腫瘤壞死因子α(TNFα)、白細胞介素6(IL-6)及內皮素1(ET-1)可能是引發其發病的重要炎性介質。
