(一)發病原因
本病為性連鎖顯性遺傳疾病，致病基因定位于X染色體長臂中段Xq21至Xq24。因此，半合子男性病情重，而雜合子女性病情表現多樣，多數輕度異常(如僅有角膜環生狀混濁)，甚至無癥狀，少數重如男性。該基因突變導致α-半乳糖苷酶A(一種溶酶體水解酶)缺乏，使終端α-半乳糖殘基不能從中性糖鞘脂(neutral glycosphingolipid)分子上解離，而使如此的中性糖鞘脂，主要為酰基鞘氨醇三己糖苷(ceramide trihexoside)，也有較少的酰基鞘氨醇三己糖苷沉積至體內各器官致病。臨床發現B型或AB血型的Fabry病患者常發病早、病情重，這是因為這兩種血型人群還具有另外兩個糖鞘脂——B和B1糖鞘脂，當α-半乳糖苷酶A缺乏時，它們亦不能解離掉分子終端的α-半乳糖殘基，該B及B1糖鞘脂也一同沉積至器官組織。由于B或AB血型患者比O或A血型患者有更多的糖鞘脂沉積，故病情重。
(二)發病機制
1967年Brady等闡明了該病的生物化學缺陷。他們認為溶酶體酶酰基鞘氨醇己三糖苷酶活性缺陷導致了神經氨醇分解代謝減低，從而導致細胞內神經氨醇半乳糖苷酰基鞘氨醇的沉積。上述細胞內沉積物a末端連接一個半乳糖苷殘基。由于人們對這一特異酶缺陷的認識，現在可以準確地診斷半合子的男性，并可以辨認雜合子女性攜帶者以及在宮內受到影響的胎兒。
現已明確，血管角質瘤綜合征是一種X連鎖遺傳的疾病，缺陷基因位于X染色體長臂上。半合子中該基因的外顯率很高，酶缺陷的臨床表現既有家族內也有家族間變異。α-半乳糖苷酶的整個基因組序列都已被破譯，而且可以得到足夠長度的cD-NA。不同家族分子排列不同，存在著外顯子突變、基因重排和堿基對缺失。受影響的半合子男性表現出多系統臨床表現，雜合子的女性則有著不同的臨床表現，也可無癥狀，但可找到脂質貯積的證據。
