大多數醫生認為，口腔潰瘍與以下因素有關：
1、消化系統疾病及功能紊亂：如腹脹、腹瀉或便秘等情況。
2、內分泌變化：有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前后就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的癥狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由于體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
3、精神因素：有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
4、遺傳因素：如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80— 90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
5、病毒的感染：口腔潰瘍一般多發于春秋季節交換的時候，一般免疫力低下的人由于季節的變化，而體內的環境不能及時調整，發生免疫低下，病毒此時就會乘虛而入，造成潰瘍。
6、其他因素：如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等，可降低免疫功能，增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。
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