脂肪痢的成因是因為消化不良或脂肪攝取欠佳。人體具有消化和吸收脂肪的精密功能，如飲食含高脂肪，就會刺激膽汁分泌到小腸內(nèi)。膽汁就像清潔劑，膽汁內(nèi)的膽汁酸會令脂肪乳化和溶解于小腸液中。同時胰臟會分泌一種脂肪分解酵素，將脂肪分解成細小分子 (如脂肪酸和膽固醇)，在膽汁酸的協(xié)助下傳送至小腸壁細胞。
肝病、胰臟疾病或小腸疾病均會引致脂肪痢。
1. 肝病
慢性肝病患者分泌膽汁的功能受影響，出現(xiàn)脂肪痢的情況甚為常見。這些病人通常出現(xiàn)嚴重的黃疸病 (面色發(fā)黃)。
2. 胰臟疾病
胰腺炎(pancreatitis)即是胰腺發(fā)炎，如屬慢性類別，分泌脂肪分解酵素 (負責消化脂肪的酵素) 的功能就會受到阻礙，因而引致脂肪痢。患有囊性纖維化(Cystic fibrosis)的病人亦會出現(xiàn)脂肪痢。囊性纖維化為一種遺傳性疾病，令身體製造過多過厚及黏性的黏液，堵塞肺部和胰臟。另外,曾施手術(shù)移除胰臟的病人亦較常患有脂肪痢。
3. 小腸疾病
患乳糜瀉(Celiac disease)的病人不能耐受小麥和黑麥中的蛋白質(zhì)，此蛋白質(zhì)損害小腸內(nèi)壁細胞，令消化和吸收脂肪的功能大受影響，因此病人亦會出現(xiàn)脂肪痢。如病人已移除小腸或小腸廣泛受疾病影響，又或受病菌感染，亦會出現(xiàn)脂肪痢。
