醫院歷史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州創辦的福音醫院。1936年12月，英國倫敦公會、英國長老會、美國歸正宗教會、中華基督教閩南大會和中華基督教漳州區會，在福音醫院的基礎上合辦漳州協和醫院。1949年12月漳州協和醫院從馬公廟搬遷到漳州市醫院現址。1952年1月29日漳州協和醫院并入福建省第六專區人民醫院，醫院改稱為龍溪專區醫院（后稱龍溪地區醫院）。1986年改名漳州市醫院。

　　在市委、市政府的關心重視下，現已發展為醫療、教學、科研、預防、保健、康復和急救為一體的三級甲等綜合性公立醫院，是福建醫科大學非行政隸屬附屬醫院，也是華中科技大學同濟醫學院和福建中醫藥大學的教學醫院。2012年5月被確定為“衛生部腦卒中篩查與防治基地醫院”，“福建省院士專家工作站”揭牌。擔負著漳州市轄區近500萬群眾的疑難重癥的搶救、醫療任務，被衛生部授予“國際緊急救援中心網絡醫院”。

　　醫院占地面積78畝，建筑面積98865平方米，編制床位1056張，實際開放床位1407張，年門急診量148.6萬人次，住院量6.98萬人次，手術量3.17萬臺次。臨床醫技科室40個，病區28個，職能科室15個，附設漳州市腫瘤研究所及眼科中心。擁有13個福建省住院醫師規范化培訓基地，1個省級急診急救專科護士培訓基地。

　　醫院重視建設政治素質高、醫術精湛、醫德醫風好、結構合理的人才隊伍。全院職工2109人，其中，正、副主任醫師、福醫大兼職教授、副教授221人，高級技術職稱211人，中級技術職稱536人，碩士學歷169人，博士學歷6人。享受國務院政府特殊津貼1名，博士研究生導師1名，碩士研究生導師3名。

　　醫院注重學科建設和技術創新，大力引進和開展新技術、新項目，整體醫療水平顯著提高，形成院有重點、科有特色、人有專長的良好格局。血液科、腎內科、普外科、產科、骨科、泌尿外科、神經外科是本院的重點學科。腫瘤綜合治療、胸心外科、心血管內科、顯微外科、脊柱外科、神經科、婦產科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、血液透析等專業在本地區處于領先地位。開展體外循環心臟不停跳心內直視手術、冠狀動脈搭橋術、冠狀動脈造影術、經皮冠狀動脈腔內成形術(PTCA)等心臟手術，自體肝移植手術，異基因造血干細胞移植術、自體造血干細胞移植術、射頻消融術、血漿置換術、新生兒重癥救治，以及腔鏡、微創、介入等高新技術項目達到省內外先進水平。近年來，獲福建省、漳州市科技進步獎65項，各級科研項目立項100余項。

　　擁有先進的飛利浦1.5T超導型磁共振2臺、64排螺旋CT 1臺、128層CT 1臺、SPECT/CT 1臺、大型心腦血管造影系統(DSA) 2臺，彩超、直線加速器、全自動生化分析儀、腹腔鏡、胸腔鏡、關節鏡、電子胃鏡、膠囊內鏡、超聲內鏡、數字乳腺攝影系統、口腔X線計算機體層攝影系統、光學相干斷層成像儀、高壓氧艙等大型先進設備和齊全的常規檢查設備，醫療設備總價值達4.37億元，為臨床診療水平的提高提供有力的保障。4個裝備良好的重癥監護病房為急危重癥患者的搶救提供良好的條件。正在建設中的外科大樓占地面積3312.6平方米，總建筑面積54548.98平方米，設有800張床位。

　　醫院始終堅持“以病人為中心、以質量為核心”的服務宗旨，秉承“精誠博學、仁愛致遠”的院訓，不斷提高醫療質量和服務水平。先后榮獲“全國精神文明建設先進單位”、“全國文明單位”、“全國院務公開示范點”、“全國模范職工之家”、全國優秀價格監測定點單位、外科ICU榮獲“全國巾幗標兵崗”等多項榮譽。