2000年10月，經(jīng)省政府（蘇編〔2000〕21號(hào)和44號(hào)）批準(zhǔn),由原江蘇省衛(wèi)生防疫站（省結(jié)核病防治所）、江蘇省職業(yè)病防治所（省職業(yè)病防治院）、江蘇省衛(wèi)生宣傳教育所和江蘇省皮膚病防治研究所（省性病監(jiān)測(cè)中心）合并組建江蘇省疾病預(yù)防控制中心，是直屬江蘇省衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)領(lǐng)導(dǎo)的主要從事疾病預(yù)防控制工作的公益性事業(yè)單位。2002年3月、2008年7月增掛江蘇省衛(wèi)生檢測(cè)檢驗(yàn)中心、江蘇省公共衛(wèi)生研究院。2013年，加掛“國(guó)家食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)江蘇中心”和首批“國(guó)家食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)參比實(shí)驗(yàn)室（有機(jī)污染物）”。2015年，加掛江蘇省公共衛(wèi)生實(shí)踐教育中心。2014年成功建設(shè)申報(bào)“國(guó)家醫(yī)師資格考試實(shí)踐技能考試與考官培訓(xùn)基地（公衛(wèi)類別）”。

中心現(xiàn)有在職在編職工487名，其中，專業(yè)技術(shù)人員440人，研究生以上學(xué)歷205人，正高級(jí)技術(shù)職務(wù)73人，副高級(jí)技術(shù)職務(wù)94人。現(xiàn)轄31個(gè)部門（室、科、所），其中職能部門9個(gè)、業(yè)務(wù)部門18個(gè)，其它科室3個(gè)，主要有急性傳染病防制、慢性傳染病防制、慢性非傳染病防制、性病與艾滋病防制、免疫規(guī)劃、消毒與媒介生物防制、食品安全與評(píng)價(jià)、兒童青少年健康促進(jìn)所（學(xué)生健康管理辦公室）、環(huán)境疾病（地方病）防制、放射防護(hù)、職業(yè)病防治、毒理與功能評(píng)價(jià)、理化檢驗(yàn)、病原微生物研究、健康教育與健康促進(jìn)、公共衛(wèi)生信息等專業(yè)部門，主辦《江蘇預(yù)防醫(yī)學(xué)》、《江蘇衛(wèi)生保健》雜志。

中心成立以來(lái)，不斷提升裝備水平，改造完善基礎(chǔ)設(shè)施，占地面積2.79萬(wàn)平米，2014年省突發(fā)公共衛(wèi)生應(yīng)急處置中心大樓建成并投入使用。辦公科研實(shí)驗(yàn)用房達(dá)4萬(wàn)平米，固定資產(chǎn)4.04億，50萬(wàn)元以上儀器設(shè)備146臺(tái)2.31億。2012年，建成國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委“急性傳染病防控隊(duì)伍”和“核和輻射突發(fā)事件衛(wèi)生應(yīng)急隊(duì)伍”兩支國(guó)家級(jí)應(yīng)急隊(duì)伍。

中心成立以來(lái)，以國(guó)家科技重大專項(xiàng)和省“科教興衛(wèi)”工程為牽引，以衛(wèi)生部腸道病原微生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室為平臺(tái)，應(yīng)用研究成就斐然，連年攀升，先后獲得各級(jí)各類科技獎(jiǎng)114項(xiàng)。其中省部級(jí)科技成果一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、二等獎(jiǎng)9項(xiàng)、三等獎(jiǎng)17項(xiàng)，市廳級(jí)科技成果一等獎(jiǎng)26項(xiàng)、二等獎(jiǎng)45項(xiàng)、三等獎(jiǎng)16項(xiàng)，“十三五” 科教興衛(wèi)工程立項(xiàng)創(chuàng)新平臺(tái)1個(gè)，重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)，創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個(gè)，重點(diǎn)人才3人；“職業(yè)病臨床”獲批“衛(wèi)生重點(diǎn)臨床專科”。主持國(guó)家級(jí)、省部級(jí)課題101項(xiàng)，其中科技部國(guó)家重大專項(xiàng)1項(xiàng)(2009、2011、2013、2015)，科技部863計(jì)劃1項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金21項(xiàng)，省自然科學(xué)基金、支撐計(jì)劃、臨床專項(xiàng)46項(xiàng)，其他部委及人才培養(yǎng)項(xiàng)目32項(xiàng)；承擔(dān)或參與制定國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)170項(xiàng)，發(fā)表論文3173篇，SCI收錄論文從無(wú)到有，累計(jì)發(fā)表380篇，其中《Journal of the Lancet》發(fā)表7篇，《The New England Journal of Medicine》發(fā)表6篇，《Nature Genetics》1篇，最高影響因子55.873，目前擁有軟件著作權(quán)34項(xiàng)，發(fā)明專利19項(xiàng)，實(shí)用新型專利專利權(quán)維持12項(xiàng)，標(biāo)志著中心科研、監(jiān)測(cè)、檢測(cè)、應(yīng)急、防控能力逐年躍升，有力保障和促進(jìn)全省公共衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展。

中心在江蘇省委省政府和省衛(wèi)生計(jì)生委正確領(lǐng)導(dǎo)下，在社會(huì)各界大力支持下，堅(jiān)持以鄧小平理論、“三個(gè)代表”重要思想和黨的十八大精神為指導(dǎo)，以建成具有國(guó)際影響力的現(xiàn)代化省級(jí)疾病預(yù)防控制中心為目標(biāo)，貫徹科學(xué)發(fā)展觀，積極倡導(dǎo)“團(tuán)結(jié)、奮進(jìn)、求實(shí)、創(chuàng)新”的中心精神，依據(jù)國(guó)家法律法規(guī)，始終堅(jiān)持“預(yù)防為主”的衛(wèi)生工作方針，認(rèn)真履行疾病預(yù)防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置、疫情及健康相關(guān)因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測(cè)與干預(yù)、實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)檢驗(yàn)與評(píng)價(jià)、健康教育與健康促進(jìn)、技術(shù)管理及應(yīng)用研究指導(dǎo)等職能，緊緊圍繞重大疾病防制策略，愛(ài)崗敬業(yè)、勇于進(jìn)取，開(kāi)拓創(chuàng)新、創(chuàng)先爭(zhēng)優(yōu)，成功應(yīng)對(duì)“9.14”湯山投毒、“非典”疫情、禽流感疫情、手足口病、甲型H1N1流感、嬰幼兒毒奶粉、“小龍蝦”事件、瘦肉精、地溝油、人感染H7N9禽流感等多起突發(fā)公共事件，圓滿完成援非抗埃國(guó)際救援保障任務(wù)，支援保障北京奧運(yùn)、上海世博會(huì)、南京青奧會(huì)，特別是在應(yīng)急救援“5.12”汶川特大地震、“4.20”雅安地震和“6.23”鹽城龍卷風(fēng)冰雹特別重大災(zāi)害、對(duì)口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州、四川綿竹等項(xiàng)目中，鍛煉了隊(duì)伍，展現(xiàn)了風(fēng)貌，樹(shù)起了形象，贏得了贊譽(yù)。

先后榮獲中共中央精神文明建設(shè)指導(dǎo)委員會(huì)“全國(guó)文明單位”, 中組部“全國(guó)防治‘非典’工作先進(jìn)基層黨組織”, 人事部、衛(wèi)生部、國(guó)家中醫(yī)藥管理局“全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)抗擊非典先進(jìn)集體”、“全國(guó)衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體”， 衛(wèi)生部、國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局、國(guó)家中醫(yī)藥管理局、總后勤部衛(wèi)生部“抗震救災(zāi)醫(yī)藥衛(wèi)生先進(jìn)集體”，人社部、國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委“全國(guó)艾滋病防治工作先進(jìn)集體”，人社部、國(guó)家衛(wèi)計(jì)委、中宣部、外交部、商務(wù)部、解放軍總政治部、解放軍總后勤部“埃搏拉出血熱疫情防控先進(jìn)集體”, 國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委“全國(guó)疾病預(yù)防控制工作先進(jìn)集體”, 中華全國(guó)總工會(huì)“全國(guó)五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”，中國(guó)教科文衛(wèi)體工會(huì)全國(guó)委員會(huì)“全國(guó)教科文衛(wèi)體系統(tǒng)模范職工之家”,江蘇省總工會(huì)“江蘇省五一勞動(dòng)獎(jiǎng)狀”、“工人先鋒號(hào)”、“模范職工之家”,江蘇省委省政府“全省防治‘非典’工作先進(jìn)集體”、“江蘇省文明單位標(biāo)兵”等國(guó)家級(jí)和省部級(jí)表彰100多項(xiàng)。