華亭縣人民醫院的前身是1950年8月成立的縣人民衛生院，院址在縣治正街(今農業銀行址)，始有工作人員3名。
1951年2月，衛生院遷入縣治正街教育局(今東華小學址)。
1953年8月，開設簡易病床5張。
1954年，在縣治西巷(今縣一醫院址)劃撥地基5畝，修建磚、土、木結構平房7間288平方米，門診部遷入新址。
1955年9月，衛生院在山寨回族自治區成立了醫療站。
1957年，衛生院修建住院平房140平方米，開設簡易病床(土炕)11張。
1958年 5月，華亭、崇信兩縣合并，人民衛生院改為華亭縣東華衛生院。9月1日，又更名為華亭縣東華醫院。
1959年1月19日，華亭縣東華醫院改稱平涼市華亭醫院，3月10日，正式定名為平涼市華亭人民醫院。
1962年3月，平涼市華亭人民醫院改名為華亭縣第一人民醫院（簡稱縣一醫院），設門診部和住院部。門診開設9個科室；住院部開放病床16張。
1968年5月10日，成立縣一醫院革委會。 16日，縣一醫院革委會易名為華亭縣第一人民衛生院革命委員會，并納并了衛生防疫保健站。
1971年，新修門診10間588平方米，病床增至35張。
1972年11月，改稱縣一醫院革委會。
1973年，醫院實行黨支部領導下的分工負責制。
1975年3月，醫院新建2層住院樓642平方米，病床增至83張。
1978年10月，縣一醫院革委會撤銷，復稱縣一醫院。
1979年，醫院新增五官科、急診室，并組建了內兒科和外婦科兩個護理部，全院職工增至67人。
1983年5月，開設傳染病床32張。
1985年底，開放病床114張，分內兒(含中醫)、外婦l含骨傷)和傳染3個病區。全院職工達到131人。
1989年，實行院(站)長負責制。
1993年1月，建成五層住院樓竣工使用，院部始設兒科、內科、婦產科、外科，床位計劃增至202張，實際開放150張。
1996年，醫院制定了《五年發展規劃》，在醫院管理和可持續發展的指導思想上制定了“醫德奠基、科技興院”的發展戰略；“病人第一，質量第一，醫療第一”的辦院宗旨；“抓管理、培養人、添設備、變環境”的運行模式以及“內強素質、外塑形象”的競爭意識。
1997年，成立了病理科。5月，縣政府確定縣一醫院為“窗口行業文明示范點”。9月，省衛生廳“愛嬰醫院”、國家衛生部“二級甲等醫院”創建先后通過評審，隨后給予命名。 12月，“衛生部國際緊急救援中心網絡醫院”命名。
1998年7月，建成標準化制劑室被省衛生廳確定為省中醫學校教學醫院。1l月，外科、骨科剝離分設。
1999年，縣政府確定縣一醫院為醫療體制改革試點單位，推行院長負責制。8月，縣一醫院出臺了以綜合目標管理責任制為為主要內容的配套改革方案。10月，縣級醫療體制改革領導小組給予肯定，并在縣級醫院推廣。11月12日，縣政府辦公室批復掛牌成立華亭縣急救中心。至此，縣一醫院綜合實力發生了根本性變化，成為全縣醫療、康復、急救中心。
2001年，成立東華社區衛生服務中心隸屬縣一醫院管理，2004年脫離。
2003年3月，縣委、縣政府衛生項目建設現場辦公會批準醫院改擴建總體方案，改制3戶國有企業，擴增土地5968平方米實施醫院南擴，新建門診、醫技等業務用房，至此醫院總占地達到28.8畝；并通過職工集資、招商引資等方式購置CT、C臂、數字減影胃腸機、腹宮腔鏡、彩超等大型設備；至2008年，先后建成醫技樓、門診樓、傳染病樓，改建住院部，醫院總建筑面積達到20239平方米。隨后，增建信息化管理HIS系統、視頻監控系統，安裝中心供氧、床頭呼叫、電梯等醫用設施，建成標準化藥庫，群眾就醫條件明顯改善。
2006年，召開第二屆職代會，討論和審議出臺了《華亭縣第一人民醫院內部管理機制改革方案》、《華亭縣第一人民醫院輪訓進修方案》，轉變服務理念，增進管理水平，全員全面開展脫產輪流進修學習。是年，榮獲全省護理工作先進集體稱號。
2007年，開辟西安、武漢、北京、上海等地學術交流，脫產學習路徑，全面提升醫療技術水平。科室主任整體在華西醫科大學華西醫院輪訓，科室護士長整體在解放軍寶雞三院輪訓。是年，榮獲全市科技工作先進單位稱號。
2008年7月，國家衛生部二級甲等綜合醫院通過復審命名，省衛生廳批準編制床位由180張增加至288張，但實際開放330張。全院職工整體在華東、華南、西南等地區三級醫院有組織地考察學習管理和服務經驗。是年，榮獲甘肅省“五一勞動獎狀”。
2009年，榮獲“五一巾幗獎”稱號。7月，在全市同級醫院率先購置磁共振，投入使用。12月8日，縣委、縣政府決定實施縣一醫院遷建，在縣城西區新建功能齊全、設施一流、技術力量雄厚的縣級綜合醫院，充分發揮示范帶動作用。
2010年4月，縣城鎮化建設領導小組審定通過了縣院整體遷建規劃藍圖。確定總投資1.4億元，建設面積42355平方米，兩年建成一所人性化、現代化、園林式的功能完善、設施一流的綜合醫院的總體思路。
