昆明市第二人民醫院始建于1952年5月，由原云南軍區組建，時名“云南省第二醫院”。 1952年11月交由云南省衛生廳管理，命名為“云南省慢性病療養院”，1954年更名為 “云南康復醫院”；1960年交由昆明市衛生局管理，更名為“昆明市第二人民醫院”， 1986年云南省衛生廳再次批復“云南康復醫院”為第二名稱，1995年被評為“三級乙等綜合醫院”，2015年通過“三級乙等綜合醫院”復審，2018年創建成為“老年友善醫院”。經過67年的努力，現已發展成為以老年醫學和康復醫學為優勢的集醫療、教學、科研、預防、保健等為一體的三級綜合醫院，是昆明學院非直屬附屬醫院，昆明醫科大學、云南中醫學院等10余所醫學院校的教學、實習醫院，第一批云南省助理全科醫師培訓基地。
2019年6月為配合國家植物博物館建設，位于植物博物館選址核心區的我院進行了搬遷，現過渡安置在三個院區，北院區（龍泉路871號）、南院區（龍泉路672號附2號、龍泉路935號、霖雨路121號）、東院區（光明路338號）。醫院現有在職職工877人，床位1000張，臨床科室25個（老年一科、老年二科、老年三科、呼吸與危重癥科、康復醫學科、心血管內科、內分泌科、消化內科、腫瘤科、兒科、婦產科、骨關節診療中心、疼痛科、神經外科、普外科、泌尿外科、中醫科、口腔科、急診科、精神科、腎內科、神經內科、麻醉科、皮膚科），醫技科室4個，職能科室9個。我院是云南省最具規模的老年醫療與康復機構之一，老年病科、呼吸內科為省級臨床重點專科，康復醫學科為省級臨床重點專科省院共建項目，老年護理專業為省級臨床重點專科培育項目，是昆明市0-6歲殘障兒童搶救性康復機構。醫院有昆明市老年綜合評估技術中心、昆明市老年胃腸外科治療技術中心、昆明市老年麻醉技術中心、昆明市老年骨關節病診療技術中心、昆明市吞咽障礙治療中心等5個技術中心。市級“百工程”知名專家3名，“千工程”學科帶頭人2名、后備人選29名。于2016年籌辦成立了“昆明市醫養協會”，現有100余家會員單位。
醫院以“一切為病人健康服務”為宗旨，“敬人敬業、至精至誠”為院訓，“團結奮進、開放包容、敢為人先”為精神，“人才立院、科技興院、管理富院、特色辦醫、設備強院”為辦院方針，始終堅持“以病人為中心、全心全意為患者服務”的理念，走“專科與綜合相結合”的發展道路，以實現我院“二次創業”和建設與發展取得新跨越。
