昆明市第三人民醫院成立于1954年，前身為“昆明市傳染病醫院”,1986年更名為昆明市第三人民醫院，2002年與“昆明市結核病防治院”合并，成為西南地區規模最大的傳染病專科醫院，2016年3月通過“三級甲等傳染病專科醫院”評審，是“云南省傳染性疾病診療質量控制中心”和“昆明市傳染性疾病醫療質量控制中心”，是昆明市政府舉辦的以傳染性疾病診治為重點，集醫療、教學、科研、社區衛生服務為一體的大型綜合性傳染病專科醫院。醫院是大理大學第六附屬醫院、昆明醫科大學臨床教學醫院。

醫院有3個專家工作站：首都醫科大學附屬北京佑安醫院鄭加生專家工作站（微創介入科）、中國藥科大學孔令義專家工作站（天然藥物化學）及首都醫科大學附屬北京地壇醫院成軍專家工作站（肝病科）。

醫院有省級重點專科4個（感染性疾病科、傳染科、重癥醫學科、肝病科）和培育項目1個（結核病科），市級重點專科4個（肝病科、結核病科、艾滋病科、重癥醫學科），設有3個昆明市市級研究中心（昆明市感染性疾病研究中心、昆明市肝病研究中心、昆明市結核病臨床研究中心）、1個昆明市重點實驗室（昆明市結核病重點實驗室）、23個市級診療技術中心和4個科技創新團隊，是昆明市“突發公共事件傳染病醫療救治中心”。

醫院分為吳井、長坡兩個院區，現有職工1099名，其中具備碩博學歷的118人，高級職稱138人，碩導10人，編制床位1200張，設有中西醫結合結核病科、耐藥與重癥結核病科、綜合結核病科、介入結核科、結核病臨床檢驗中心、肝病綜合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病與艾滋病科、感染性疾病及兒童傳染科、重癥醫學科、關懷科、腫瘤科、骨科、普外科、胸外科、婦產科、麻醉科、呼吸科、心內科、內分泌科、老年肺病科、老年心腦血管疾病科、血液凈化中心、介入導管室、預防保健與慢病管理中心、檢驗科、醫學影像科、超聲功能科、藥學部、營養科等32個臨床及11個醫技輔助科室。

致力于建設國內一流的綜合性傳染病醫院，為病友提供方便周到的人性化服務。醫院業務范圍輻射全省、周邊省份和東南亞國家，近年來與美國斯坦福大學、瑞典隆德大學及泰國宋卡王子大學、越南國立肺科醫院、柬埔寨馬德望省立醫院、印度尼西亞廖亞大學、緬甸衛生部國家結核項目辦、老撾友誼醫院等東南亞一帶一路國家的專業機構開展了廣泛的學術和技術交流，隨著專業細分及學科交叉的不斷深入，逐步形成了“精專科、強綜合”的格局。

2017年以來醫院陸續加入了“北京結核病診療技術創新聯盟”、“國家肝臟腫瘤微創治療技術創新戰略聯盟”和 “北京亞太肝病診療技術創新聯盟”，在京昆醫療協作聯盟的支持下成立了亞太肝病診療技術聯盟云南省聯盟、成為全國結核病醫院聯盟和北京結核病診療技術創新聯盟醫院，是西南結核病醫院聯盟的副主委單位，是全國首批上線的結核病互聯網醫院，是全國傳染病醫院管理創新學組的委員單位。率先引入的電磁導航支氣管鏡技術提升了肺部結節的鑒別診斷能力，結核病臨床研究中心在耐多藥結核的診治、中西醫結合肺內外結核的治療、肺結核及結核并發癥的介入治療、骨關節結核的外科治療等方面達到國內先進水平。肝病臨床研究中心在感染性肝病如乙肝、丙肝、戊肝等和非感染性肝病如自免肝、脂肪肝、藥物肝損傷等診療方面處于省內領先水平，是云南省最早開展人工肝治療的醫院，開展了肝硬化及上消化道出血的內鏡治療，在“鄭加生專家工作站”的指導下開展了肝癌與肺癌的微創介入消融手術，具備開展肝癌的肝動脈灌注栓塞、肝血管瘤灌注栓塞、經頸靜脈肝內門體分流術、下腔靜脈濾器植入等介入手術的能力。醫院建立了HIV初篩和確證實驗室，具備開展抗病毒治療、機會性感染治療、母嬰阻斷、HIV外科手術等完善的艾滋病診療體系。感染性疾病科對發熱感染性疾病、中樞神經系統感染性疾病及蟲媒傳播疾病的診療水平省內領先。重癥醫學科對重癥肺炎、休克、多器官功能衰竭、呼吸衰竭、腎功能衰竭、藥物毒物中毒以及重癥艾滋病、重癥結核、急慢性肝衰竭、破傷風、腦炎等感染性危重癥有豐富的救治經驗。心內科可開展冠脈介入、心臟起搏、主動脈瘤腔內隔絕術等介入治療。呼吸科擅長對疑難肺部疾病的臨床診治。骨科開展創傷骨折、骨腫瘤、骨與脊柱關節結核的手術，腹部外科開展腹腔鏡術、肝葉切除術以及其他腹部結核手術，胸外科開展肺腫瘤、各種結核病灶清除和肺葉切除等手術。婦產科是云南省定點施行乙肝、梅毒、HIV母嬰阻斷的單位，目前所完成的HIV感染手術在國內位居前列。醫院血液凈化中心是“全國人工肝及血液凈化技術示范中心”，分室分機，對各種感染性疾病患者及普通患者按感染途徑進行分區專人專機治療，確保患者到我院治療的安全。為終末期病人提供緩和醫療和安寧療護服務的關懷科在國內享有較高知名度，是“昆明市安寧療護技術中心”，并與瑞典隆德大學合作共建“中瑞安寧療護中心”。醫院檢驗科在病毒性肝炎、結核、艾滋病及其他傳染病的臨床檢測方面處于省內領先水平。

作為云南省傳染性疾病診療質量控制中心，昆明市第三人民醫院是唯一一家以市級醫院的身份承擔起省級醫療質控中心任務的醫療衛生機構，牽頭建立了云南省感染性疾病專科聯盟，目前已覆蓋三級醫療機構5個、二級醫療機構15個、一級醫療機構11個，聯盟單位包括昆明市14縣市區人民醫院，部分地州醫院：個舊市傳染病醫院、紅河州人民醫院、紅河州傳染病醫院、楚雄州人民醫院、麗江市人民醫院、迪慶州人民醫院、怒江州人民醫院、瀘西縣人民醫院、鎮雄縣人民醫院等；響應國家“一帶一路”倡議，不斷擴大與省內外及東南亞國家傳染病專業機構間的協作范圍，積極搭建東南亞感染性疾病聯盟的平臺，通過醫療合作、學術交流、項目、科研等方式帶動區域內傳染病防治水平的共同提升。

近年來醫院在科研創新方面成果顯著：獲得國家自然科學基金立項1項，云南省部級立項24項，昆明市級立項108項，昆明市引智項目立項7項，區級項目3項；獲云南省科技進步二等獎1項、三等獎1項，云南省衛生科技成果二等獎2項、三等獎7項，昆明市科技進步二等獎2項、三等獎1項，官渡區科技進步三等獎2項。

醫院承擔著昆明地區的傳染病臨床診療、預防控制、應急救治、技術指導、人員培訓等工作，是昆明市及云南省傳染病疫情防控的重要力量，為保障昆明市乃至云南省人民群眾的身體健康、維護社會穩定做出了積極貢獻。2003年被衛生部、人事部、國家中醫藥管理局表彰為“全國衛生系統抗擊非典先進集體”；2005-2007年度、2008-2010年度及2011-2015年度三次獲得“云南省防治艾滋病人民戰爭先進集體”榮譽；2009年、2012年、2015年連續三次被授予“云南省文明單位”稱號；2012年、2013年被評為昆明市“平安建設先進單位”，多次獲得市衛生系統“先進集體”、“實績突出班子”等表彰；2017年艾滋病科獲得國家衛計委授予的“全國優質護理服務表現突出病房”稱號、獲得國家衛計委授予的“全國衛生計生系統先進集體”稱號及云南省衛計委授予的“云南省衛生計生系統先進集體”稱號；2019年在“健康春城?最美醫者”評選活動中同時獲得“五一勞動獎章” 和“工人先鋒號”光榮稱號。