福建中醫藥大學附屬廈門第三醫院是島外一所集醫療、教學、科研、預防保健為一體的大型三級乙等綜合性醫院、國家級愛嬰醫院、“省級文明醫院”、福建醫科大學、福建中醫藥大學臨床教學醫院、福建省臨床住院醫師規范化培訓基地、于金明院士平臺協助醫院。
醫院編制床位1000張，占地面積140畝，建筑面積9.3萬平方米，內設13個黨政后勤管理機構，38個業務科室，職工1466人，其中高級職稱169人，中級職稱383人，博士、碩士研究生89人。2015年門、急診量91.4萬人次，年收住院病人4.5萬人次，年手術量1.2萬人次。醫院擁有德國西門子1.5T超導核磁共振機、64排螺旋CT 、西門子數字血管造影機（DSA）、1000毫安數字胃腸機、數字DR拍片機、體外循環機、直線加速器等高精尖設備，以及百級凈化手術室和國內一流搶救技術水平的ICU重癥監護室。
近幾年，醫院發揮區域優勢，立足本地，醫療服務技術輻射廈門島內外、長泰、龍海、安溪、南安、晉江等周邊地區，加強內涵管理，狠抓醫療質量、醫療安全，規范服務行為，開展人文關懷，引進學科帶頭人，加大科技投入與技術協作。婦產科、神經外科、骨科、普外科、神經內科、呼吸內科等優勢學科快速發展，開展無痛胃鏡、無痛分娩，創建無痛醫院，減輕患者病痛。醫院緊跟醫學前沿技術，在高新技術治療方面達到較高水平，微創治療已常規開展，如：宮頸癌、食道癌、肺癌、結直腸癌、胃癌、骨關節及顱腦微創腔鏡手術達前沿水平；是島外唯一能開展斷肢/指再植、腦出血介入治療、心肌梗死介入治療的綜合性醫院，同時又是島外唯一有高壓氧艙治療緊急中毒能力和有放射治療設備用于腫瘤放射治療的綜合性醫院，島外唯一能獨立進行心臟復雜手術的綜合性醫院，廈門市胸痛治療中心協助單位。心血管內科每年急診介入手術100余例，神經外科應用顯微技術實施腦、脊髓腫瘤切除已是常規手術，不僅如此，在自發性蛛網膜下腔出血的急診腦血管造影檢查及腦動脈瘤的急診手術和血管內微創介入治療均處于醫學前沿水平，年均為重度顱腦損傷患者做手術300余臺，同時以最佳的治愈效果贏得了患者的充分肯定，取得了良好的社會效益。同時，醫院重視開展新技術、新業務，形成了崇尚科學、注重科學的優良傳統，全院共有96項科研成果獲省、市、區科技成果獎；發表論文近千篇。
崛起中的福建中醫藥大學附屬廈門第三醫院正以全新的面貌，堅持“一切以病人為中心”的服務宗旨，傳承“醫學人文”理念，通過強化醫院內涵建設、深化醫院改革、加大基礎建設投入、加快人才培養、重視學科建設，改善就醫環境，促進醫院整體服務水平與社會公信力得到不斷提升。特別是醫院的醫療、教學、科研水平同步發展，各個學科緊跟醫學前沿，讓老百姓在家門口就能享受高水平優質的醫療服務，為廈門市的醫療衛生事業建設作出積極貢獻。
