福建醫科大學附屬第二醫院始建于1881年，原名“惠世醫院”，為英國教會醫院。1973年整建制劃歸福建醫科大學，更名為福建醫科大學附屬第二醫院。醫院是福建省首批通過衛生部評審的四家三級甲等綜合醫院之一，是我省主要的醫療、教學、科研、畢業后教育基地之一，是博士、碩士研究生學位授權點單位、國家級博士后科研工作站。是國家省級區域醫療中心，福建省呼吸醫學中心掛靠單位。醫院在全國三級公立醫院績效考核評價中連續兩年進入全國前10%，等級A+。醫院榮獲第六屆“全國文明單位”榮譽稱號。
醫院設鯉城和東海兩個院區，鯉城院區占地24.57畝，東海院區占地322.6畝；醫院編制床位2000張，年門急診量150萬人次，住院量8.5萬人次，年手術量近7萬臺次，其中住院手術近5萬臺次，躋身“2020中國綜合醫院手術量百強榜”。現有員工近3000人，其中正、副高職稱439人，博、碩士600人,醫師中具有博士、碩士研究生學歷占總數近70%，博士生導師18人，碩士生導師119人，教授、副教授133人。在國際學會任理事、委員等學術任職2人，國家級學（協）會委員以上學術任職90人次、省級學（協）會副主任委員以上學術任職43人次。醫院是海峽兩岸醫藥衛生交流協會海西介入呼吸病學專業委員會、中國殘疾人康復協會康復工程與輔助技術專業委員會視障輔助技術專業學組掛靠單位。
醫院歷來以外科技術精湛著稱，上世紀四、五十年代率先在泉州地區開展大、中型外科手術，并為泉州地區培養了大批醫學骨干力量。近年來，醫院學科建設取得長足發展，介入呼吸病學、低視力康復、產前超聲醫學等亞?？栖S入國內先進水平。醫院是福建省呼吸醫學中心掛靠單位，免疫學和變態反應專業、皮膚病專業、超聲診斷專業、腫瘤科（中西醫結合）等專科被列入省級臨床重點專科。呼吸與危重癥醫學科、免疫風濕科、超聲醫學科、眼科、皮膚醫學美容、中西醫結合腫瘤科、生殖醫學等多個?？苹騺唽？铺幱谑阮I先水平。胃腸外科、甲乳外科、骨質疏松、脊柱外科、關節外科、肝膽胰外科、重癥醫學科、泌尿外科、婦產科、內分泌與代謝病科、心血管內科、神經內科、血液內科、腎臟內科、消化內科、腫瘤化療科、放射治療科等?？苹騺唽？铺幱谑认冗M水平。
醫院獲頒國家人力資源和社會保障部博士后科研工作站，是國家藥物臨床試驗機構，與美國Salus大學合作成立國際聯合低視力康復教育中心，入選全國首批?？漆t師規范化培訓基地、中國醫師協會呼吸內鏡醫師培訓基地、國家呼吸臨床研究中心核心成員單位、福建省呼吸系統疾病介入診療臨床醫學研究中心、PCCM專科醫師規范化進修基地，獲全國首批PCCM科規范化建設三級醫院優秀單位，與長庚科技大學聯合建立呼吸治療培訓基地,承擔“省域重大疾病診療能力提升項目（肺癌綜合診療）”。是中國輔助技術研究所視障輔助技術研究中心、福建省低視力康復指導組、福建省視障康復技術指導中心、福建醫科大學肝膽胰疾病數字化技術臨床應用中心掛靠單位；獲國家級皮膚醫療美容示范基地、國家心血管疾病診療質量監測基地、國家心肺預防與康復協作網示范中心、中國心衰中心認證單位、全國臨床藥師培訓基地、國家衛生計生委腦卒中篩查與防治基地、中國卒中學會綜合卒中中心、國家衛計委腦防委高級卒中中心、中國胸痛中心認證成員單位、中國肺癌聯盟肺結節診治分中心、國家標準化代謝性疾病管理中心、中國糖網篩防中心、骨質疏松癥防治合作基地、國家痛風規范診治中心、骨科機器人遠程手術中心創建單位、全國靜脈血栓防治中心優秀單位、全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓協同單位、國家藥品不良反應中心哨點醫院、中華醫學會骨密度測量質量控制合格認證單位等，人類生殖輔助技術IVF通過國家資質評審，是中國婦幼保健協會“母嬰友好醫院”、福建省產前診斷中心、福建省危重癥孕產婦轉診救治網絡醫院、泉州市疑難急危重癥和孕產婦搶救中心等。
醫院作為福建醫科大學第二臨床醫學院、國家級住院醫師規范化培訓基地和省級醫學繼續教育基地之一，設有14個專業國家級住培基地、1個國家級專培基地、25個醫學教研室。醫院依托睡眠醫學省高校重點實驗室、視障輔助技術福建省高校工程研究中心、福建省呼吸系統疾病介入診療臨床醫學研究中心、泉州市惡性腫瘤臨床研究中心、神經調控代謝性疾病研究中心、臨床醫學研究中心、臨床分子診治研發中心、干細胞實驗室和中心實驗室，大力開展醫學科學研究。“十三五”期間獲各級科研課題立項482項，承擔國家重點項目子課題3項，獲科技成果獎33項，其中省部級科技成果獎6項。
醫院在全省率先引進“天璣”智能骨科手術機器人，擁有PET/CT、雙源CT、128排高端CT、3.0磁共振（MRI）、單光子發射計算機斷層掃描儀（SP-ECT）、直線加速器（LA）、放射治療后裝機、三維定向經皮穿刺導航機器人、數字減影血管造影機（DSA）、高端手術顯微鏡、支氣管導航系統、術中導航超聲儀、高端多普勒超聲儀等先進醫療設備。醫院有層流凈化、數字一體化、現代化手術室，設置有百級數字化手術室系統。
醫院高度重視與國內外的學術交流，與美國紐約大學、日本山梨醫科大學、日本鹿兒島大學、荷蘭自由大學、臺灣長庚科技大學、英國皇家國立骨科醫院、美國加州大學、新西蘭奧塔哥大學、美國希望之城醫院、美國紐約西奈山呼研所、意大利米蘭大學等機構及學者建立了合作關系，聘任數十名國內外專家作為醫院客座教授、特聘教授、高級專家。
醫院獲全國文明單位、全國醫院文化建設先進單位、全國醫院新冠肺炎疫情防治黨建先進團隊、中國醫院科學抗疫創新團隊、全國改善醫療服務創新醫院、福建省平安醫院、泉州市級平安單位、泉州市十佳工匠精神企業（單位）等榮譽。
