深圳市婦幼保健院成立于1979年，目前已發展成為集醫療、保健、教學、科研、預防為一體，以診治婦產兒科常見病、多發病和疑難病癥為重點的國內知名三級甲等婦幼保健院，是南方醫科大學非直屬附屬醫院以及多所高等院校的教學醫院和實習基地。
醫院一院兩址，分別為紅荔院區和福強院區，占地面積3.5萬平方米，建筑面積15萬平方米，編制床位1300張。年門急診量183萬余人次，住院病人5.3萬余人次，分娩量2萬余例。截至2021年7月，共有職工2146人，其中正高146人，副高310人，博士74人，碩士464人，博士生導師5人，碩士生導師36人。目前擁有地方級領軍人才4人，孔雀計劃C類人才3人，臨床型實用人才2人，后備級人才3人。
醫院設有產科、婦科、新生兒科、兒科（含兒外科）、生殖醫學中心、生殖免疫綜合科、中醫科、針灸推拿科、乳腺科、口腔病防治中心、急診科、麻醉科、醫學遺傳中心、檢驗科、病理科、放射科、超聲科、藥劑科、產前診斷中心、婦女保健科、兒童保健科、新生兒疾病篩查中心、兒童聽力診斷中心、宮內疾病診療中心、聚焦超聲無創治療中心、兒童神經康復中心、宮頸癌早診早治中心、乳腺癌防治中心等30多個醫療、醫技、保健科室。第三代試管嬰兒技術（胚胎植入前遺傳學篩查技術，PGT）順利通過國家現場評審，獲得正式運行資質。
目前全市已建立以深圳市婦幼保健院為龍頭，各區婦幼保健院為支撐，由市、區婦幼保健院、綜合醫院、社康中心組成的兩級三層婦幼保健網絡，保障全市各項婦幼指標持續向好，全市孕產婦死亡率、圍產兒死亡率遠低于全國平均水平，全市婦女兒童健康水平穩居全國前列。
連續三年（2018-2020）在各級綜合績效考核及評價中獲得優異成績。其中，2020年度廣東省三級婦幼保健機構績效考核中，排名全省第一；2020年度深圳市衛生健康委員會委屬單位綜合績效考核中，排名第三；2019年度深圳市衛生健康委員會委屬專科醫院綜合績效考核中，排名第一；2018年度深圳市公立醫院（婦幼保健院）綜合評價考核中，排名第一。
醫院技術力量雄厚，科研水平顯著提高，國家重點研發計劃、國家自然科學基金重點項目等重大科研項目立項獲得歷史性突破。2016-2020年，獲得各級科研立項231項，課題總經費達7400余萬，設立院內科研基金項目、博士基金、護理專項基金，獲廣東省科技進步獎3項，深圳市科學進步獎4項。2019年獲國家衛健委醫政醫管局“科技興院典型”獎。
專科影響力不斷提升，擁有國家臨床重點專科-新生兒科、國家孕產期保健特色專科，成為全國首批產前超聲培訓基地、全國新生兒圍產期醫學專科醫師培訓基地。2018年中國醫院各學科綜合指數排行榜“婦產科學術期刊專項排名”第16名；2019年中國醫院影響力排行榜，婦產科、婦科、產科、兒科均入圍百強，分別為第13、6、15、51名；2019年榮登艾力彼首屆全國“婦產醫院50強”，位列第28名；2019年度科技量值（STEM）排名，婦產科進百強；“2020中國醫院影響力排行榜”，婦產科、婦科、產科、兒科分別排名全國第8、第5、第16、第42，華南地區第1、第1、第3、第4；2020年榮登艾力彼全國“婦產醫院50強”第28位，“兒童醫院50強”第29位，并首次進入“智慧醫院HIC300強”。
“醫療衛生三名工程”項目穩步推進。2016至2018年引進的8個團隊依托科室在全市2019年度臨床醫技類團隊中均位列前20名；兒童心理與康復科、婦科、兒科、新生兒科、生殖醫學中心等5個依托科室聘請顧問型及研究型PI，以各種形式指導科研、課題及論文；新生兒科、生殖醫學中心、中醫科、婦科等4個依托科室完成臨床基礎實驗室建設。2018年獲得臨床試驗（醫療器械類）基地備案許可；2020年藥物臨床試驗機構備案通過廣東省藥學會第三方評估。
院黨委重視黨建工作，堅持把方向、管大局、作決策、促改革、保落實的領導作用；充分發揮群團組織作用，開辦衛生系統**“職工子女假期托管班”和**“青年綜合素質培訓班”，定期舉辦文藝匯演、歌手大賽及“青年論壇”等活動；院工會成立多個興趣小組，努力打造職工和患者喜聞樂見的文化品牌，為醫院建設和發展鑄魂立魄。
面對新征程，醫院將秉承“保障母嬰安康、提高出生人口素質”的辦院宗旨，弘揚“團結、耐勞、慎獨、向上”的院訓精神，大力推進醫院學科建設和人才培養，實現我院醫療、教學和科研全方位發展，努力構建國內一流的集約型、服務型、創新型婦幼保健服務體系，向“樹立市婦幼優質品牌，打造廣深醫療高地，創建粵港澳大灣區婦幼保健醫療中心，推進健康深圳建設”的目標努力奮斗。
醫院擁有多個國家及省市級重點學科、重點實驗室、質控中心、培訓及示范基地：
? 三級甲等婦幼保健院
? 南方醫科大學附屬深圳婦幼保健院
? 全國首批產前超聲培訓基地
? 全國新生兒圍產期醫學專科醫師培訓基地
? 全國子宮頸癌早診早治示范基地
? 國家婦科內分泌診療能力建設試點單位
? 國家吳階平醫學基金會乳腺癌早診早治項目培訓基地
? 中國婦幼保健協會“婦科內分泌與常見病培訓基地”
? 全國綜合醫院、專科醫院、婦幼保健院中醫藥工作示范單位
? 全國婦幼保健中醫中西醫結合培訓基地
? 國家級兒童早期發展示范基地
? 全國產科麻醉培訓基地
? 全國聚焦超聲臨床示范基地
? 高強度聚焦超聲臨床培訓基地
? 國家子宮頸癌防控技術培訓基地
? 國家優質護理示范工程——圍產期母嬰護理服務實訓基地
? 中華護理學會盆底康復專科京外臨床教學基地
? 中國婦幼保健協會專科助產士臨床培訓基地
? 中國婦幼保健協會示范孕婦學校
? 國家級母嬰安全優質服務單位
? 全國新生兒皮膚護理培訓基地
? 全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓基地
? 中國女性職業壓力應激與圍產期抑郁中心
? 全國角膜塑形安全監控哨點單位
? 中國婦女發展基金會PAC培訓基地
? 全國盆底健康醫學專項技術教學培訓基地
? 國家級盆底康復培訓基地
? 生殖健康診療服務能力（深圳）地區指導中心
? 全國內分泌特色門診中心
? 中國婦幼保健協會母胎醫學專委會主委單位
? 中華預防醫學會生育力保護分會青年委員會主委單位
? 第一批國家分娩鎮痛試點醫院
? 中國牙防基金會健康口腔推廣基地
? 國家耳鼻咽喉出生缺陷防控創新研發基地
? 粵港澳大灣區婦幼口腔健康精準防治研究與轉化平臺
? 粵港澳大灣區助產專科實踐教育基地
? ALSO模擬培訓基地
? 三代試管嬰兒技術試運行中心
? 電子病歷系統功能應用水平五級單位
? 廣東省護士協會教育護士實習基地
? 廣東省兒科呼吸聯盟
? 廣東省兒童早期發展聯盟單位
? 廣東省新生兒專科護士培訓基地
? 廣東省助產專科護士培訓基地
? 廣東省醫用輻射安全放心示范單位
? 廣東省醫學會健康傳播自媒體聯盟單位
? 深圳市兒科專科護士培訓基地
? “生源提升工程”深圳片區協助基地
? 博士后實踐創新基地
? 深圳市健康教育基地
? 入選全國罕見病診療協作網
? 中國普拉德-威利綜合征臨床規范化診療協作聯盟單位
? 母嬰友好示范項目醫院
? 兒童健康管理示范基地
? 兒童眼保健示范單位
? 中國青少年身心健康促進示范基地
? 華南中醫婦科聯盟成員單位
? 嶺南中西兒科聯盟
? 粵港澳大灣區中醫婦科聯盟單位
? 嶺南羅氏婦科流派傳承工作室工作站
? 張玉珍全國名老中醫藥專家傳承工作室工作站
? 南方醫科大學、廣西醫科大學、湖南中醫藥大學、安徽醫科大學、華南師范大學、武漢大學、中山大學、廣州醫科大學、深圳大學、山東大學、山西中醫藥大學、嘉應學院、華中科技大學同濟醫學院等多所院校教學基地
? 國家臨床重點專科：新生兒科
? 國家保健特色專科：孕產期保健特色專科
? 國家產科質控中心專家委員會成員單位
? 全國婦幼健康中醫（中西醫結合）重點專科
? 全國生殖健康轉化醫學合作中心
? 廣東省高水平臨床重點專科：新生兒科
? 廣東省保健特色專科：新生兒保健特色專科
? 廣東省中醫重點專科：中醫婦科
? 廣東省臨床重點專科：產科、兒科
? 廣東省重癥孕產婦救治中心
? 廣東省重癥新生兒救治中心
? 廣東省產前診斷專項技術指導中心
? 廣東省區域性產前診斷中心
? 廣東省地中海貧血基因診斷中心深圳市分中心
? 廣東省出生缺陷監測與干預重點實驗室
? 深圳市醫學重點學科：新生兒科、產科、生殖醫學科、婦幼衛生與兒童保健
? 深圳市中醫特色專科
? 深圳市科創委重點實驗室：深圳市出生缺陷預防控制實驗室
? 深圳市“惠民工程”重點實驗室
? 深圳市出生缺陷干預工程技術研究中心
? 深圳市孕產婦急危重癥救治中心
? 深圳市新生兒疾病篩查中心
? 深圳市新生兒科質量控制中心
? 深圳市產科質量控制中心
? 深圳市乳腺科質量控制中心
? 深圳市產前超聲質量控制中心
? 深圳市產前診斷質量控制中心