重慶醫科大學附屬口腔醫院（重慶市口腔醫院）的前身是1943年10月原“國民政府中央衛生實驗院”設立的“沙坪壩牙病防治所”。1946年7月“國民政府中央衛生實驗院”因抗戰勝利回遷南京，將“沙坪壩牙病防治所”全部移交“重慶市國民政府衛生局”，并在此基礎上成立了“重慶市牙病防治所”。1955年7月，重慶市人民政府又以“重慶市牙病防治所”為核心，匯集重慶市各大醫院的所有著名口腔專家，成立了“重慶市口腔病醫院”，成為北京、天津、重慶、南京四家全國最早建立的省市級口腔專科醫院之一。1995年7月，醫院更名為“重慶市口腔醫院”。2001年7月，經重慶市人民政府批準，重慶市口腔醫院成建制劃歸重慶醫科大學，成為重慶醫科大學附屬口腔醫院，組建口腔醫學系。2005年成立口腔醫學院。
重慶醫科大學附屬口腔醫院是集醫療、教學、科研、預防、保健、急救為一體的國家三級甲等口腔專科醫院，有三個院區：北部新院、上清寺院區、黃水康復療養院區；兩個門診部：沙南街門診部和大學城門診部。業務用房總建筑面積63459m2。醫院設置病床100張、牙科綜合治療椅469臺。開設了牙體牙髓病科、牙周（粘膜）病科、頜面外科、修復科、正畸科、預防科、牙種植科、VIP中心、整形美容中心、兒童牙病中心、潔牙中心、唇腭裂序列治療中心、會員中心。醫院現有在崗職工721人，其中專業技術人員649人，絕大多數專業技術人員均具有碩士、博士學位。“重慶市口腔醫學會”、“重慶市醫院管理學會”、“重慶市口腔臨床醫療質量控制中心”設在本院。醫院也是目前重慶市唯一的“口腔臨床住院醫師規范化培訓基地”，其口腔醫療綜合服務功能和技術水平位居國內先進行列。
重慶醫科大學附屬口腔醫院擁有一支業務技術精湛、教學嚴謹、年齡職稱結構優良的人才梯隊，教授19人，副教授45人，博士生導師4人，碩士生導師34人，碩士156人，博士42人。
重慶醫科大學附屬口腔醫院開展兒童及成人各種牙病治療、牙頜面畸形矯治、口腔及頜面部腫瘤治療、牙種植、牙修復、牙周粘膜病系統治療等100余項先進治療技術。在美容牙科及頜面部整形美容方面也具有豐富的經驗及數十年的技術積淀。
科研工作成績顯著。近幾年來，醫院承擔科研課題103項，其中國家自然科學基金3項。近5年獲科研成果6項，發表論文（含SCI）共264篇，參編全國統編教材、出版學術專著共計12部。口腔臨床醫學被重慶市教委、重慶市衛生局認定為“十一五”醫學重點學科；口腔醫學實驗教學中心被重慶市教委批準為“市級實驗教學示范中心”；口腔醫學專業被重慶市教委評為“重慶市高等學校特色建設專業”。
