1.直接鏡檢 將可疑食物、嘔吐物、糞便作涂片、革蘭染色，在顯微鏡下，根據細菌形態、排列及染色特性檢出葡萄球菌，一般要求超過其他菌數25%，每克食物含菌應達數億，診斷即可成立。
2.細菌培養 可疑食物、嘔吐物或糞便經高鹽血瓊脂培養基或用氯化鋰鹽蛋黃培養。如未檢出葡萄球菌，并不能否定診斷，因細菌在食物加熱時葡萄球菌被殺滅，但腸毒素耐高溫，未能破壞，仍能致病。
3.毒素測定 血清學試驗 應用血清學直接檢測食物浸出液、培養物或濾液等標本的腸毒素。①反向間接血凝法：用各種型腸毒素的免疫球蛋白致敏鞣酸處理過的紅細胞，后加入被檢的含腸毒素的標本，經一兩小時血細胞凝集陽性，可作快速診斷。②免疫熒光法：用熒光素標記的抗毒素血清與葡萄球菌培養物或食物濾液進行混合，在熒光顯微鏡下，檢查腸毒素。③放射免疫法：用125I標記的腸毒素通過放射免疫法檢查腸毒素。
4.動物實驗 取可疑食物或嘔吐物接種肉湯培養基，孵育后取濾液注射貓腹腔，4h發生食物中毒癥狀，提示可能存在腸毒素。
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