1、敗血型與傷寒引起發熱相鑒別。
2、細菌痢疾 典型菌痢有高熱、腹痛腹瀉、瀉膿血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明顯壓痛，且有腸索，伴明顯里急后重。糞檢有較多膿細胞、吞噬細胞。重者常脫水。這都有利于和本病別。
3、其它細菌所致腹瀉，如鼠傷寒、致病大腸桿菌、耶氏菌、親水氣單胞菌，其他厭氧菌等，單從臨床有時很難鑒別。懷疑時應依靠病原學和血清學來確診。胃腸型需與其他病原引起的腹瀉相鑒別
4、腸道外感染者須與沙門菌病及布氏菌病鑒別。
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