與其他顱內腫瘤相鑒別。囊性血管網狀細胞瘤應與星形細胞瘤相鑒別，后者瘤結節增強，掃描強化不均勻，密度較低。鈣化不能作為二者鑒別點，因二者均有鈣化。實體型血管網狀細胞瘤應與髓母細胞瘤鑒別，前者常伴有von Hippel-Lindau綜合征，后者多見于小腦蚓部。對于瘤結節位于囊內者，在術前鑒別有一定困難。腫瘤位于橋小腦角者，需與聽神經瘤相鑒別，后者多為實體，常有聽力改變。另外也需與供血豐富的顱后窩惡性膠質瘤及腦血管畸形相鑒別。
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