本病需與下列幾個疾病進行鑒別診斷：
(1)胸膜間皮瘤
因早期表現及X線檢查結果有相似之處，故可能誤診為結核性膿胸。誤診的原因有以下幾點：①具有典型的結核中毒癥狀,抗結核治療曾有效。②患側胸廓萎陷,肋間隙變窄。③肺CT未見胸膜凹凸不平。④胸腔內為黃色滲液。⑤無明顯消瘦及痰中帶血。具有下述幾種情況應想到有胸膜間皮瘤可能: a. 持續較重胸痛; b. 難以控制的胸水,特別是血性胸水; c. 胸腔積液經抗結核、抗炎治療無明顯好轉; d. 胸膜增厚且凹凸不平。必要時做CT及病理檢查以協助診斷,減少誤診。
(2)肺囊腫
是一種先天性發育異常形成的肺實質囊性病變。分為液囊腫、氣囊腫和液氣囊腫。囊腫較小時可無癥狀或癥狀輕微。若巨大液性囊腫有時尚難與膿胸等鑒別。結核性膿胸是一種特殊菌感染,其臨床表現不象化膿性感染癥狀明顯,因此易延誤診斷。誤診原因可能有以下幾點: (1)對于年老患者，就醫前又無肺結核、結核性胸膜炎及急性結核性膿胸的臨床癥狀的; (2) MRI 顯示病變肺囊腫表現相似(3) 近年來隨著抗結核藥物治療學的進步及結核菌株變異,部分結核病的臨床表現已不典型,臨床上重視不夠，故兩者需進行鑒別診斷。
(3)惡性胸腔積液
老年結核性膿胸和肺癌胸膜轉移的臨床表現缺乏特異性,兩者均可有發熱、胸悶氣急、咳嗽、胸液呈滲出液。由于老年人肺臟及胸膜老化,壁層胸膜對胸液的重吸收緩慢 ,部分患者就診于非專科醫院,造成病情遷延不愈而誤診為惡性胸腔積液。為避免對老年結核性膿胸的誤診,必須提高對本病的認識和警惕。臨床上凡遇發熱、長期不明原因胸腔積液而又診斷不明,胸液性質為滲出液、常見抗結核及胸穿抽液困難的患者,均應考慮本病,及時進行電視胸腔鏡檢查或手術探查。
