肺鼠疫須與其他肺部炎癥鑒別，如大葉性肺炎，肺炭疽，鉤端螺旋體病肺出血型及支原體肺炎。
肺炎是指終末氣道，肺泡和肺間質的炎癥。其癥狀：發熱，呼吸急促，持久干咳，可能有單邊胸痛，深呼吸和咳嗽時胸痛，有小量痰或大量痰，可能含有血絲。幼兒患上肺炎，癥狀常不明顯，可能有輕微咳嗽或完全沒有咳嗽。應注意及時治療。
鉤端螺旋體病肺出血型：在鉤體侵入人體后，經過潛伏期和短暫的感染早期后的2～3天，突然出現面部蒼白，以后心率和呼吸增快，心慌，煩躁不安，最后進入循環與呼吸功能衰竭。雙肺布滿濕羅音，咯血進行性加劇，但也可無咯血。主要為廣泛的肺臟內部溢血，是近年來無黃疸型鉤體病引起死亡的常見原因。
鼠疫的其他類型
腺鼠疫 占85～90%。除全身中毒癥狀外，以急性淋巴結炎為特征。病后第2～3天癥狀迅速加劇，紅、腫、熱、痛并與周圍組織粘連成塊，劇烈觸痛，病人處于強迫體位。4～5日后淋巴結化膿潰破，隨之病情緩解。部分可發展成敗血癥、嚴重毒血癥及心力衰竭或肺鼠疫而死;用抗生素治療后，病死率可降至5～10%。
敗血型鼠疫 又稱暴發型鼠疫。可原發或繼發。原發型鼠疫因免疫功能差，菌量多，毒力強，所以發展極速。常突然高熱或體溫不升，神志不清，譫妄或昏迷。無淋巴結腫。皮膚粘膜出血、鼻衄、嘔吐、便血或血尿、DIC和心力衰竭，多在發病后24小時內死亡，很少超過3天。病死率高達100%
輕型鼠疫 又稱小鼠疫，發熱輕，患者可照常工作，局部淋巴結腫大，輕度壓痛，偶見化膿。血培養可陽性。多見于流行初、末期或預防接種者。
皮膚鼠疫病 細菌侵入局部皮膚出現痛疼性紅斑點，數小時后發展成水泡，形成膿皰，表面復有黑色痂皮，周圍有暗紅色浸潤，基底為堅硬潰瘍，頗似皮膚炭疽。偶見全身性膿皰，類似天花，有天花樣鼠疫之稱。
