囊性肺纖維化常會出現囊性支氣管擴張，所以需和一些引起囊性支氣管擴張的疾病鑒別，囊性支氣管擴張是復發性或慢性感染的并發癥，其表現可類似多發性空洞，它不是真正的空洞，而是多發性支氣管擴張伴有囊狀腔隙的表現。
1.丙種球蛋白缺乏癥 該患者易于發生復發性細菌感染，繼發氣道阻塞和囊性支氣管擴張，有時和囊性肺纖維化不易鑒別，但該患者血中丙種球蛋白明顯減少或缺乏，且汗液中無高濃度的NaCl存在，因此可以鑒別。
2.復發性細菌性肺炎 反復發作時可以造成支氣管擴張，早期這種支氣管擴張可呈圓柱形，并且是可逆的，但在多次肺炎發作后，由于支氣管損害可發展成靜脈曲張狀或囊性支氣管擴張，位于下葉是其特點，感染早期胸片是正常的，在肺底有線狀陰影聚集，這時支氣管造影可顯示支氣管擴張。當支氣管擴張進一步發展，則可呈小囊狀支氣管擴張，用高分辨率CT(HRCT)可取代支氣管造影而獲得診斷。
3.過敏性支氣管肺曲菌病 發生哮喘時可伴有支氣管囊狀擴張，但一般此病發病年齡較晚，無家族遺傳史，纖維支氣管鏡檢查可找到曲菌絲，糖皮質激素可治愈。
4.結核性支氣管擴張癥 結核是囊狀支氣管擴張癥的另一原因，在長期結核菌感染后，在肺尖及全肺可發生空洞，這些透明區除了壞死性空洞外，還必須考慮有支氣管擴張，尤其是囊狀支氣管擴張癥，但結核引起的支氣管擴張一般有中毒癥狀，如低熱、盜汗等，痰中可找到結核桿菌，通過抗結核治療病情會逐漸好轉，所以臨床上診斷是不難的。
