一、病因
幽門關閉不全（25%）：
本綜合征的發生首先要有幽門功能喪失或幽門關閉不全的基本條件，如在胃切除或胃腸吻合術后，膽汁可直接返流入胃；某些病人并無手術史，十二指腸內容物可通過關閉不全的幽門返流入胃，引起返流性胃炎，膽囊切除后，儲存膽汁的功能喪失，膽汁持續流入十二指腸，如通過關閉不全的幽門而返流入胃，同樣可以引起返流性胃炎。胃泌素可刺激胃粘膜細胞增殖以加強其屏障作用，防止H+的逆向彌散，但在BillrothⅡ式胃切除術后胃泌素分泌減少約50～75%，這可能是本綜合征的重要發病原因之一。
胃切除術后（30%）：
胃切除術后膽汁返流入胃是常見現象，但并不是每個人都發生癥狀，其發病原因還可能與下列因素有關：①胃排空障礙返流液在胃內滯留時間長，pH升高，殘胃中需氧菌及厭氧菌更易生長，這些細菌可使膽鹽游離而引起胃粘膜炎癥，從而出現癥狀；②膽酸成分改變Gadacz發現膽酸成分正常者不發生癥狀，而去氧膽酸明顯增高者常有癥狀；③胃液中存有細菌有癥狀患者的胃液中都有革蘭氏陰性桿菌或假單胞菌，使用強力霉素可減輕癥狀；而無癥狀者的胃液中均無細菌存在；④胃液中鈉濃度鈉濃度超過15mmol/L者易發生胃炎，而鈉濃度低于15mmol/L者無胃炎。
幽門螺桿菌感染（25%）：
幽門螺桿菌感染引起胃黏膜炎癥，膽汁反流性胃炎可與HP感染并存，HP感染和膽汁反流兩者均與黏膜損害有關，其可能通過增加胃泌素釋放，從而影響胃十二指腸動力，引起膽汁反流。
其他原因（20%）：
如原發性幽門括約肌功能障礙可使幽門開放時間延長、幽門松弛或挈持續開放狀態，使十二指腸內容物反流入胃，引起十二指腸胃反流的發生;如胃腸神經肽和激素水平異常可導致胃腸道運動的紊亂進而導致十二指腸胃反流的發生。
