本病發生原因可分為兩類：其一，單純性或非感染因素;其二，感染性或可傳染性疾病。前者，除生理性包莖，包皮過長，性成熟以后，包皮垢刺激或少數機械懷損傷因素而發生龜頭紅腫，灼熱的炎癥改變;后者，除非感染因素所致的包皮龜頭炎均屬之，亦就是病原微生物為主導因素所引起的包皮龜頭炎，其中以細菌性與真菌性感染為最常見。
感染性男性包皮龜頭炎的病原菌除少數毒素強的細菌(如淋菌)外，大多都為非致病性微生物，或低毒細菌往往在條件具備情況下，可成致病因素，故亦稱條件致病菌引起的疾病。
引起包皮龜頭炎的條件致病菌中以真菌、毛滴蟲或某些厭氧菌最多見，對于患包皮龜頭炎的病人來說，這類致病菌來源多為外感所致，即就是性伴帶菌而傳給男性，遇到適宜的機體條件而發病。
條件致病菌不少以女性陰道為孳生地，可因女性每月內分泌變遷，影響陰道PH條件，有利于這類寄生菌活躍繁殖，數量增多，成為發病要素，產生局部搔癢，灼熱，粘膜紅腫，充血，甚而可使粘膜發疹或糜爛。隨之刺激陰道分泌物增多，微生物(真菌或滴蟲)的產物假膜形成絮狀白帶，或泡沫樣分泌溢出，腥臭味日漸增重。在女性陰道微生物繁殖期間，男女性交，極易成為男性被感染的機會，導致包皮龜頭炎的發生。感染局部產生紅腫，發疹、糜爛、滲液及灼熱、發癢一系列癥狀。
