1、醫療飲食
進行胃切除、小腸末端切除、闌尾切除等外科手術，均可引起腸道菌群失調。此外，放射治療也會降低了體內的免疫力，也會導致菌群失調。
2、年齡、體質飲食
老年人、體弱者、牛乳喂養小兒、過敏體質者忌精神高度緊張、工作過度疲勞、起居飲食無規律、體力活動少者，經常出現食欲不振、腹脹、噯氣、輕度腹瀉、便秘或者腹瀉與便秘交替等不適癥狀，這都是體質因素導致腸道菌群失調而造成。
3、疾病因素
當人患病后，整個機體處于一種非正常狀態，因而會影響到腸道內菌群的正常平衡。如慢性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、腸癌、肝硬化、慢性肝炎等消化道疾病都可以使腸道有益菌群大量減少甚至消失，而大量的餓大腸桿菌、擬桿菌、梭菌等大量增加。甚至慢性腎炎、肺心病等非消化道疾病，也會導致腸道菌群失調。
4、藥物因素
人體在使用抗生素殺死致病菌的同時，也會將腸道正常有益菌群大量殺死，但有些耐抗生素的致病菌卻有機可乘，腸道內菌群“正不壓邪”了，從而造成菌群失調甚至二重感染。長期服用抗癌藥物和激素類藥物，也會導致腸道菌群紊亂。
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