一、發病原因
小兒先天性卵巢發育不全的染色體核型為45、XO，缺少一個性染色體，另外，還有各種組合的嵌合體，在嵌合體中以XX/XO出現率為最高，染色體屬于嵌合體的患者比較不容易發生流產，比較容易成活，癥狀亦較輕，有認為在XO/XX型中，XO細胞比例越高，性染色質的百分比例越低，畸形相對地較多，相反，XX細胞比例較高時，性染色質百分比亦高，畸形也相對較少。其發生是由于減數分裂時，卵子或精子的性染色體不分離，使一個無性染色體的卵子與一個帶X染色體的精子結合，或由一個帶X染色體的卵子與一個無性染色體的精子結合而成，絕大多數有這類異常的胎兒常發生自然流產，活產的遠較睪丸發育不全癥為少。
嵌合體：染色體異常類型之一。來自不同合子的細胞系所組成的個體。又稱異源性嵌合體。起源于同一合子發育成不同核型的細胞系所形成的個體則稱同源性嵌合體(mosaic)，又稱鑲嵌體。
二、發病機制
小兒先天性卵巢發育不全是由于細胞內X染色體缺失或結構發生改變所致。有關X單體染色體的遺傳基礎還不清楚，目前已排除遺傳印跡的可能性，認為可能的機制為：①親代生殖細胞的減數分裂發生不分離;②合子卵裂中姐妹染色單體不分離;③在有絲分裂過程中X染色體的部分丟失。
由于在胚胎發育早期，女性2條X染色體之一就已失活而不轉錄，因此僅有1條X染色體在人體的發育中起積極作用。由此看來，小兒先天性卵巢發育不全表型并非由X單體所致，可能涉及某些至今尚未明確的相關基因的缺陷。這種推測的理論依據有：
1、早期表達學說
在胚胎發育早期及X染色體失活之前，涉及人體細胞發育的X連鎖基因可能即已表達，并呈雙倍劑量的基因表達。
2、不完全失活學說
失活X染色體上的X連鎖基因似乎并未完全失活，可能存在不完全失活區域，由于該區域的基因表達是造成先天性卵巢發育不全臨床表型的關鍵因素，因此提示先天性卵巢發育不全相關基因很可能位于該區域內。有關Y染色體的研究結果表明，由于部分先天性卵巢發育不全患者伴有Y染色體著絲粒衍生物，因此人們認為性別決定基因和先天性卵巢發育不全相關基因在遺傳學上是兩個完全獨立的基因控制位點。研究還發現，部分患者中存在涉及先天性卵巢發育不全相關的Y染色體基因(RPS4Y)與X染色體基因(RPS4X)連鎖，并能編碼一種40S的蛋白異構體，提示該連鎖基因可能是先天性卵巢發育不全的候選基因。
總之，目前先天性卵巢發育不全致病機制正在向分子遺傳學方向深入研究。
